Франкистская авиация тоже начала систематические налеты на базы республиканского флота и перевалочные порты. 15 ноября 34 немецких бомбардировщика Ju-52 бомбили Картахену, они потопили два стоявших в порту республиканских судна. 26 ноября этот порт подвергся новой бомбардировке с воздуха (8 самолетов) и с моря (крейсеры «Canarias» и «Cervera»). 19 декабря авиация противника сбросила мины на подходах к Малаге, Апьмерии, Картахене, Таррагоне и Барселоне. 11 января итальянские гидросамолеты (с гидроавианосца «Miraglia») бомбили Альмерию, а 24 февраля была подвергнута бомбежке Валенсия.
В ответ республиканские самолеты бомбили 8 декабря Кадис и Ивису, 16 января Альхесирас, а 21 января Сеуту.
Во время несения блокадной службы, начиная с 31 октября 1936 года, франкисты подвергли досмотру 33 судна (в том числе 20 советских), часть которых они задержали. Одновременно 14 февраля в итальянских портах были арестованы 7 республиканских судов.
Мятежники пошли на серьезное нарушение международного морского права, когда 14 декабря 1936 года крейсер «Canarias» потопил в открытом море, в районе Алжира, советский пароход «Комсомол».
27 декабря «неизвестная» подлодка произвела торпедную атаку республиканского судна «Magallanes», а 18 января «неопознанный» самолет в 40 милях от Барселоны сбросил бомбы на французский эсминец «Maille Breze». Это была первая атака военного корабля нейтрального государства, к счастью неудачная.
В феврале 1937 г. республиканские пароходы «Villa de Madrid» и «Сар Ferrat» затонули в результате диверсий. Агенты франкистов установили в трюмах этих судов мины с часовыми механизмами, взорвавшиеся тогда, когда они вышли в открытое море.
Здесь мобилизованные басконские траулеры несли антиблокадную службу, не пугаясь атак более сильного противника. Так, 16 ноября на траверзе Сан-Себастьяна произошла перестрелка между двумя такими сторожевиками и эсминцем «Velasco», причем корабль франкистов в итоге ушел под защиту береговых батарей. 9 января аналогичный бой с «Velasco» выдержал сторожевик «Navarra», а еще через два дня 2 басконских вооруженных траулера захватили вооруженный траулер мятежников.
В тот же день авиация республиканцев атаковала на траверзе Сан-Себастьяна линкор «Espana», налет повторился 11 января (попаданий не было) и 27 января (одно попадание в палубу). Ранее, 14 января, «Espana» и «Velasco» пытались обстрелять Бильбао, но были отогнаны огнем береговых батарей.
В декабре 1936 года погибла подводная лодка «С-5», которая после ремонта вышла в море на ходовые испытания и сразу наткнулась на два сторожевика мятежников. Не имея возможности погрузиться из-за дефектов ремонта, она приняла неравный бой и затонула от полученных повреждений.
Корабли мятежников до февраля 1937 года задержали в Бискайском заливе 6 судов (в том числе 3 советских). В ответ басконские корабли стали досматривать немецкие суда, что стало причиной серьезного инцидента. 26 декабря республиканский сторожевик задержал немецкий пароход «Palos» и отконвоировал его в Бильбао, где оно было разгружено. Тогда командующий немецким отрядом в испанских водах контр-адмирал Бём (Boehm) потребовал возврата груза и освобождения судна.
Отказ выполнить эти требования повлек за собой шантаж со стороны немцев. Легкий крейсер «Koenigsberg» попытался 2 января задержать испанский пароход «Soton», который, уходя от преследования, сел на мель возле Сантоны. Затем «Koenigsberg» задержал пароход «Marta Junquerra» и в тот же день броненосец «Admiral Graf Spee» арестовал пароход «Aragon» в районе между Альмерией и Малагой.
Бём требовал возвращения «Palos» и его груза до 8 января, а когда груз не был возвращен, он передал оба республиканских судна мятежникам. В свою очередь, республиканское правительство вынесло дело о конфискации военного груза парохода «Palos» на рассмотрение Комитета по делам невмешательства, однако без результата.
Новое наступление франкистов на Мадрид (3―11 января 1937 года) опять закончилось неудачей, вследствие чего их командование решило сосредоточить усилия на южном фронте и нанести удар по Малаге.
Для этой операции были выделены около 40 тысяч солдат (из них 20 тысяч итальянцев) под командованием генерала Г. Квейпо де Льяно (G. Queipo de Llano).
С моря наступление должны были поддерживать силы флота (крейсеры «Baleares», «Canarias» и «Cervera», миноносец № 19, канонерки «Canalejas» и «Canovas del Castillo», несколько вооруженных траулеров).
Республиканские силы, защищавшие город, насчитывали около 40 тысяч бойцов милиции под командованием полковника Вильяба (Villaba).
Боевые действия начались 18 января бомбардировкой порта авиацией франкистов. Они наступали на Малагу с запада, юга и востока, захватив 22 января Марбелью, а спустя четыре дня — Альхаму. На этом испанские части выдохлись, и потребовалось ввести в бой итальянцев.