С целью подготовки органов госбезопасности к действиям в условиях неизбежной, как тогда понимали, войны руководство страны провело очередную реформу НКВД. «Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 февраля НКВД СССР был разделен на Народный комиссариат государственной безопасности СССР (НКГБ) и Народный комиссариат внутренних дел СССР. Все структуры бывшего ГУГБ НКВД СССР перешли во вновь организованный НКГБ СССР, а постановлением от 8 февраля из системы НКВД СССР была выделена и военная контрразведка. В результате были образованы третьи управления НКО и НК ВМФ СССР. Эта реформа предполагала сделать органы разведки и контрразведки более мобильными и приспособленными для успешных действий в условиях войны»[221]
. Территориальная контрразведка освобождалась от всех функций ведомства внутренних дел. Вся система органов внутренних дел и госбезопасности имела подчиненность по вертикали из центра.В Постановлении ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля, после неизбежной преамбулы, в которой текущее время характеризовалось «укреплением Красной армии и Военно-морского флота, значительным усилением их мощи и боевой готовности, ростом хорошо подготовленных и преданных делу партии Ленина — Сталина кадров командного и политического состава», а также тем, что «за время своего существования особые отделы НКВД проделали большую работу и сыграли положительную роль», говорится:
«…2. Организовать при Наркомате обороны и Наркомате Военно-морского флота особые отделы НКО и НК ВМФ, подчинив их непосредственно народным комиссарам обороны и Военно-морского флота. Именовать особые отделы НКО и НК ВМФ соответственно третьими управлениями НКО и НК ВМФ.
3. Возложить на третьи управления Наркомата обороны и Наркомата Военно-морского флота следующие задачи:
а) борьба с контрреволюцией, шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями в Красной армии и Военно-морском флоте;
б) выявление и информирование соответственно народного комиссара обороны и народного комиссара Военно-морского флота о всех недочетах в состоянии частей армии и флота и о всех имеющихся компрометирующих материалах и сведениях на военнослужащих армии и флота.
4. Организовать при НКВД СССР 3-й отдел с функциями чекистского обслуживания пограничных и внутренних войск НКВД СССР.
5. Образовать в Москве Центральный совет из представителей НКГБ СССР, НКО, НК ВМФ и НКВД СССР в составе народного комиссара государственной безопасности СССР, народного комиссара внутренних дел СССР, начальника Третьего управления Наркомата обороны и начальника Третьего управления Наркомата Военно-морского флота.
Образовать на местах в военных округах аналогичные советы в составе руководителей местных органов НКГБ и НКВД СССР и начальников соответствующих периферийных органов третьих управлений НКО и НК ВМФ.
Возложить на образуемые советы задачу координирования борьбы с антисоветскими элементами, в частности выработку общих методов работы, дачу установок и указаний по отдельным делам и вопросам, затрагивающим интересы соответствующих органов НКГБ, НКО, НК ВМФ и НКВД, разрешение возникающих в процессе работы разногласий и пр.
Центральный совет и советы на местах собираются по мере необходимости, но не реже одного раза в месяц»[222]
.Из пункта «5» можно сделать вывод о возвращении к отвергнутому еще в годы Гражданской войны принципу двойного подчинения военной контрразведки: в состав Центрального совета вошли наркомы госбезопасности и внутренних дел, а вот наркомы обороны и ВМФ в данном случае остались, простите за плохой каламбур, не у дел. Все начальники третьих подразделений, от военного округа и флота до полка, имели подчинение как по линии командования, так и по «вертикали» своего ведомства. Однако стоит отметить, тот же уполномоченный 3-го отделения в полку офицером данной части не становился, так как подчинялся не полковому командиру, а начальнику 3-го отделения и командиру дивизии; начальник 3-го отдела военного округа подчинялся непосредственно начальнику Третьего управления НКО и наркому обороны СССР.
«Начальник Третьего управления подчиняется только народному комиссару обороны и выполняет только его распоряжения. Права начальника управления определены отдельным положением», — указывалось в «Положении о Третьем управлении НКО СССР и его периферийных органах», утвержденном 12 марта 1941 года маршалом С. К. Тимошенко.
Начальником Третьего управления НКО был назначен майор госбезопасности Анатолий Николаевич Михеев, возглавлявший Особый отдел ГУГБ НКВД СССР; начальником Третьего управления НК ВМФ СССР — дивизионный комиссар Андрей Иванович Петров, начальником 3-го отдела НКВД — старший майор госбезопасности Александр Михайлович Белянов.