Джон Лилберн, благодаря пламенной пропаганде своих личных пристрастий, превратил призыв к религиозной свободе в куда более радикальный и опасный призыв к предоставлению народу гражданских прав. Он не мог бросить правое дело. Более года назад Кромвель уговорил его быть свидетелем против графа Манчестера и нескольких его офицеров из-за их нерешительного поведения во время войны. Цель свидетельств Лилберна, как ее видел Кромвель, заключалась в том, чтобы убрать Манчестера из армии. Но в итоге эта цель была достигнута «Ордонансом о самоотречении», и после его принятия Кромвель полностью прекратил дальнейшие атаки на Манчестера. Удовлетворить Лилберна оказалось не так просто. Если человек совершил зло, то должен пострадать за это, поэтому Лилберн продолжил требовать справедливости в отношении Манчестера и других нерешительных военных, пока один из них не обвинил его в клевете и не отсудил у него 2000 фунтов. У Лилберна не было денег, а если бы и были, он не стал бы платить. Вместо этого он написал памфлет The Just Man’s Justification («Оправдание праведника»), в котором повторил все свои обвинения. Терпение Манчестера лопнуло. Лилберна вызвали в палату лордов, но он заявил, что, как любой англичанин, имеет неотъемлемое право, чтобы его судили исключительно общим судом, и отказался отвечать на вопросы. Лорды приговорили его к заключению в тюрьму Ньюгейт, где он написал памфлет The Freeman’s Freedom Vindicated («Защита свободы свободного человека»), опубликованный 11 июня 1646 г., в котором выставил лордов как угнетателей простых людей. Лорды снова послали за ним. Не признавая за ними права судить его, Лилберн забаррикадировался в своей камере в Ньюгейте, и его пришлось силой тащить в Вестминстер. Там он не стал снимать шляпы в присутствии пэров, не встал на колени, заткнул уши, когда они начали говорить с ним, и в конце концов произнес громкую обличительную речь, в которой обвинил их в тирании. Они приказали сжечь два его последних памфлета, присудили ему очередной штраф на 2000 фунтов и отправили на семь лет в Тауэр с невыполнимым приказом лишить его связи с внешним миром. Яростное сопротивление сделало Лилберна самым популярным человеком в Лондоне. Если бы его действительно лишили связи с внешним миром, горожане ворвались бы в Тауэр или взяли бы штурмом палату лордов. Его жена Элизабет, успешно копировавшая методы своего мужа, нашла новые способы поразить лордов, обвинив их, что они, вопреки Божьему закону, разлучили мужа с женой. Они сдались и разрешили ей свободно посещать мужа.
В Тауэре Лилберн завел новых друзей. Роялист и сводный брат лорда Дигби сэр Льюис Дайв быстро смекнул, что такого неукротимого возмутителя спокойствия следует поощрять, и сочувственно прислушивался к его мнению. Но более полезной для Лилберна стала дружба с валлийским судьей-роялистом сэром Дэвидом Дженкинсом, который попал в плен в Херефорде и теперь ждал суда за то, что осудил нескольких парламентариев за государственную измену. Дженкинс, который очень высоко оценил энергичные нападки Лилберна на лордов, давал ему ценные профессиональные советы, заметно укрепившие его позицию в дальнейшей борьбе с лордами. Лилберн, обладавший острым пытливым умом, учился быстро. Кроме того, он нашел множество записей, хранившихся в Тауэре, и тщательно их изучил. Таким образом, когда он вышел из заключения, то был намного лучше подготовлен к борьбе за права простого англичанина, чем когда вошел в Тауэр.
Несмотря на свою энергичность и мужество, Лилберн не был силен физически. Его тревожила судьба жены и детей, оставшихся без поддержки, и возмущало предпочтительное обхождение с более богатыми и знатными заключенными. Тем не менее в его страданиях было ощущение триумфа. Благодаря злобной палате лордов он теперь героически сидел в Тауэре, откуда мог призывать простых жителей Лондона сбросить ярмо угнетателей – лордов, богачей и обладателей привилегий. Теперь, переживая второй цикл преследований, Лилберн стал признанным защитником простых людей – Вольнорожденным Джоном.
За пределами Тауэра рассудительный Уильям Уолвин вторил и развивал идеи, живым воплощением которых стал Лилберн. В своем анонимном памфлете Pearl in a Dunghill («Жемчужина в навозной куче») Уолвин оправдывал вызывающее поведение Лилберна и предупреждал парламент, что теперь, когда война закончилась, у них есть обязанности перед людьми, которые ее выиграли, и народом, который так долго терпел и поддерживал эту борьбу. Эти люди не были ни рабами, ни детьми. За четыре года конфликта они многое повидали, много выстрадали и много обдумали. Они были «знающими и разумными людьми; бедствия сделали их мудрыми, и теперь угнетение сводило этих мудрых людей с ума».