Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к литургии, когда туда ворвались вооруженные люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники Самозванца попытались линчевать патриарха за то, то он «наияснейшего царевича расстригой называет».
Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову бросилась часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведет к непредсказуемым последствиям. Тогда кто-то из людей Отрепьева крикнул: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Призыв подействовал, толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем Иова отвели назад в Успенский собор. Вскоре туда прибыл П.Ф. Басманов. Вооруженные люди поспешно, без лишних формальностей произвели низложение патриарха. С Иова сняли панагию и святительское платье, надели простую черную ризу. Басманов спросил, куда хотел бы Иов отправиться на монастырское житие. Тот выбрал Успенский монастырь в Старице, где когда-то принимал постриг, а после был игуменом. Иова посадили в телегу и под конвоем отправили в Старицу.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царем Федором и его семьей. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданое от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В.В. Голицыным и трое стрельцов.
Князья Голицын и Рубец-Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов, несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Царицу Марию Григорьевну убийцы задушили быстро, но юный царь Федор оказал им отчаянное сопротивление: «царевича же многие часы давиша, яко не по младости дал Бог ему мужества».
Наконец, на крыльце появился Голицын и объявил, что «царица и царевич со страстей испиша зелья и пороша, царевна же едва оживе». Естественно, что ему никто не поверил. Но утверждать, что москвичи оцепенели от ужаса, узнав о преступлении, нет оснований. Большинство жителей восприняло убийство царской семьи как должное либо отнеслось к нему безразлично. Что касается дочери Годунова Ксении, то ее не задушили. Князь Рубец-Мосальский взял царевну к себе в дом «ради красоты ея» и некоторое время держал у себя «для потехи», а затем отдал Самозванцу*
Желая угодить Самозванцу, бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля, рядом с другими московскими правителями. Но по приговору бояр тело царя выкопали, положили в простой гроб и перезахоронили в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке. Следуя официальной версии о самоубийстве, бояре запретили совершить православный погребальный обряд над останками царицы Марьи и царя Федора. Их тоже отвезли в Варсонафьев монастырь, где без всяких почестей зарыли недалеко от могилы Бориса Годунова.
* Судьба Ксении Годуновой весьма печальна. По отзывам современников, она была доброй, кроткой, набожной девушкой, имела приятную внешность и ни перед кем ни в чем не провинилась.
Женихом для нее отец сначала избрал шведского принца Густава, сына короля Эрика XIV, рожденного в 1568 году его сожительницей Катариной Монсдоттер, дочерью солдата. Короля в том же году свергли, а сына вывезли в Польшу. Вплоть до зрелого возраста он скитался по разным странам, жил в нужде, но получил хорошее образование и знал языки. Этого скитальца Борис решил сделать вторым Магнусом: подчинить через него Ливонию на правах вассального государства. Густав прибыл в Москву 19 августа 1599 года, ему устроили пышную встречу. Однако принц явно переучился: он не пожелал стать «королем Ливонии», а затем отказался жениться на Ксении. Разочарованный Борис в 1601 году сослан его в Углич; Лже-Дмитрий I перевел Густава в Ярославль, Василий Шуйский — в Кашин. Там он и умер в 1607 году.
Вторым женихом для Ксении избрали принца Иоганна, брата короля Христиана Датского. В августе 1602 года он приехал в Москву и произвел самое благоприятное впечатление и на Бориса, и на придворных, и на Ксению. Однако и этот брак не состоялся. Принц чрезмерно увлекся застольем, вследствие чего с ним приключилась беда в соответствии с известным выражением «что русскому полезно, то немцу смерть». Он объелся и 28 октября умер.
На ее глазах задушили мать и брата. Потом изнасиловал князь Мосальский. Затем ее сделал своей наложницей Лже-Дмитрий. В апреле 1606 года, когда Марина Мнишек уже подъезжала к Москве, Самозванец удалил Ксению из своего дворца. Несчастную царевну постригли в монахини как «сестру Ольгу». Она скончалась в одном из подмосковных монастырей в 1622 году, не дожив до 40 лет.
Уцелевших Годуновых, а также Сабуровых и Вельяминовых по указу Самозванца разослали в ссылку в отдаленные города. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя (так сказать, «премьер-министра») боярина Степана Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский, с приставом, князем Ю. Приимковым-Ростовским. Везти боярина далеко не имело смысла. Пристав, согласно приказу, убил его в тюрьме. Вотчины, дома и прочее имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых отошли в казну.