Первый проект городского метрополитена предлагало Общество Балтийской железной дороги в 1889 году. Центральную станцию с вокзалом предлагалось устроить на Никольской площади, соединив ее с Царскосельским, Николаевским и Варшавским вокзалами. Предлагалось провести линию метрополитена по части набережной Обводного канала, Лиговской улице, Знаменской площади, далее мимо Таврического сада, по территории городской Водопроводной станции, по новому мосту через Неву, к Финляндскому вокзалу.
В 1909 году Министерство путей сообщения создало Комиссию под руководством главного инспектора железных дорог инженера Андрея Николаевича Горчакова (1836-1914). Комиссия должна была представить предложения по улучшению пассажирских перевозок в столице и регионе. Что касается строительства метрополитена, то Комиссия предложила проложить три линии метро. Первая линия должна была начинаться в районе товарной станции железной дороги у Флюгова переулка (ныне - Кантемировская ул.), проходить по Арсенальной улице рядом с католическим кладбищем, по мосту пересекать Неву, и далее вдоль Таврического сада выходить к Лиговской улице, а на Балтийском вокзале соединяться с железнодорожными путями. При проектировании первой линии за основу взяли проект берлинского метрополитена на металлических и железобетонных эстакадах. Причем в районе Знаменской площади проект предусматривал сооружение высокого путепровода, закрывавшего перспективу в сторону Адмиралтейств а.
Вторая линия начиналась у Флюгова переулка, проходила по набережной реки Невки, под Невой и Марсовым полем предполагалось построить тоннель, из которого метро выходило в район Екатерининского (Грибоедова) канала, и далее шло по руслу канала, перекрытого железобетоном, то есть под землей до Гороховой улицы. Далее до Балтийского вокзала на эстакадах. Третью линию планировалось проложить от Балтийского вокзала в сторону Путиловского завода, но детального проекта составлено не было. Предложение Комиссии не получило поддержки ни в правительстве России, ни в самом городе.
Разработкой проектов строительства метро в Санкт-Петербурге занимались и другие учреждения, компании и частные лица. Из последних можно назвать проект архитектора Петра Ивановича Белинского (1861-1925).
Наиболее подробно был разработан проект, представленный инженером путей сообщения статским советником Федором Егоровичем Енакиевым (1852-1915), разработанный им совместно с Леонтием Николаевичем Бенуа (1856-1928) и Мариамом Мариамовичем Перетятковичем.
Проект, представленный на общественное обсуждение, состоял в следующем. Конечная станция петербургского метро должна находиться в районе Старой Деревни - там планировали построить станцию «Петровская». Далее метро шло в сторону железнодорожной станции «Кушелевка» и продолжалось вдоль существующей линии железной дороги. Не доходя до Пискаревки, метро поворачивало в сторону Невы, а в районе дачи Г.А. Кушелева-Безбородко пересекало реку по новому мосту. Далее метрополитен шел по набережной до Таврической улицы и далее - на металлическом виадуке по этой городской магистрали вдоль Таврического сада. На отрезке от Пискаревки до Невы планировалось возвести железобетонную эстакаду и построить четыре станции: «Кушелевская», «Лабораторная», «Безбородкинская» и «Набережная». Мост через Неву предполагалось сделать универсальным - как для поездов метро, так и для пешеходов и автомобилей.
Станция посадки и высадки пассажиров предполагалась на перекрестке Таврической и Шпалерной улиц, следующая - рядом с Парадной улицей. Линия метрополитена от Суворовского музея далее шла по территории Преображенских казарм к Госпитальной улице, далее - по участку, ранее занятому прудами, питавшими фонтаны Летнего сада.
По линии Лиговской улицы (проспекта) метро выходило к Знаменской площади, где поезда должны были идти по подземной галерее, чтобы не перекрывать движение по площади и не закрывать вид на памятник императору Александру III. Станцию также предполагалось построить под землей, хотя рассматривался вариант и наземного, вернее полуподземного, павильона на Лиговской улице, в стороне от площади. Длина платформы при этом составляла бы почти 130 метров.