Лекции на курсах читали известные профессора Московского университета (в «Положении о курсах» было специально оговорено, что в качестве преподавателей будут приглашаться преимущественно университетские профессора). Среди первых преподавателей были: профессор Ф.А. Бредихин (физика, астрономия), профессор А.Н. Веселовский (русская литература), профессор П.Г. Виноградов (история Средних веков), профессор В.О. Ключевский (русская история), ректор Московского университета, профессор С.М. Соловьев (история), профессор Н.И. Стороженко (всеобщая литература), профессор Н.С. Тихонравов (древняя русская литература). Состав профессоров позволял обеспечить высокий уровень преподавания, повышал авторитет курсов и неизменно привлекал на них большой приток слушательниц. Руководил работой курсов педагогический совет во главе с ректором университета профессором С.М. Соловьевым. Большинство в совете составляли профессора и преподаватели Московского университета.
По окончании курсов выпускницы получали свидетельство о «прослушании» лекций, что было явной дискриминацией по сравнению с выпускниками‑мужчинами. Получалось, что слушательницы Московских высших женских курсов все равно не имели возможности сдавать государственные экзамены в университете, а стало быть, не могли получить диплом специалиста.
По этой причине в 1876 г. профессор В.И. Герье взялся за перестройку учебных планов и за создание проекта Устава высших женских курсов, который бы давал своим выпускницам право преподавать в старших классах женских учебных заведений. В проекте Устава говорилось о том, что слушательницы будут получать не только общее, но и научное образование, поэтому в учебные планы будут включены некоторые специальные дисциплины. При этом обязательными оставались такие предметы, как всеобщая и русская литература, история культуры и искусства.
К сожалению, этот проект не получил поддержки в Министерстве народного просвещения. Граф Капнист, попечитель Московского учебного округа, писал по этому поводу, что «…женские курсы могут быть полезны, если за ними будет сохранен характер совершенно частных учреждений. и если слушание лекций на курсах не будет давать никаких дипломов…».
Тем не менее с первых лет своей работы Московские высшие женские курсы начали завоевывать авторитет не только в Москве, но и во всей России. Несмотря на то что плата за обучение была достаточно высока (она составляла вначале 50, а затем 100 рублей в год), что у курсов не было своего общежития и не хватало помещений для занятий, доля слушательниц из провинциальных городов России с каждым годом становилась все больше, в конечном итоге слушательницы из Москвы стали составлять менее половины от общего числа курсисток.
Поступить на Московские высшие женские курсы могла любая женщина со средним образованием, внесшая плату за обучение и представившая документы о благонадежности. На вновь открытых курсах было два отделения: историко‑филологическое и физико‑математическое, но в 1900 г. попечительский совет высказался за учреждение третьего отделения: естественно‑исторического, которое, впрочем, так и не было открыто. Срок обучения в то время увеличился до четырех лет. Герье обосновывал это изменением программы: предусматривалось изучение целого ряда университетских дисциплин, а также специализация, которая должна была происходить на последнем, четвертом курсе.
Но времени и возможностей и дальше развивать женское образование в России у Герье уже не оставалось. Летом 1905 г. профессора освободили от занимаемой должности директора курсов. Это событие совпало по времени со вступлением в силу «Временных правил 27 августа 1905 года», которые непосредственно касались работы высших учебных заведений. На основании этих правил Совет Московских высших женских курсов 6 октября 1905 г. избрал на должность директора курсов профессора В.И. Вернадского. Однако почти одновременно он был избран на должность помощника ректора Московского университета, где и приступил к исполнению своих обязанностей. Поэтому от поста директора курсов он отказался.
В связи с отказом В.И. Вернадского занять должность директора Московских высших женских курсов Совет курсов 29 октября 1905 г. избрал на эту должность профессора С.А. Чаплыгина.
В июне 1907 г. состоялась закладка зданий учебных корпусов на земельном участке по Малой Царицынской улице (ныне Малая Пироговская), выделенном для курсов Московской городской думой. Уже в 1908 г. были построены Анатомический театр (ныне Российский государственный медицинский университет) и корпус «физика‑химия» (ныне Московская академия тонкой химической технологии). В 1909–1913 гг. архитектором С.У. Соловьевым и инженером В.Г. Шуховым для курсов было построено здание на Девичьем поле.
Одним из первых профессоров‑женщин стала выпускница курсов О.Н. Цубербиллер – автор многократно переиздававшегося учебника «Задачи и упражнения по аналитической геометрии».