«В Пронштейн-на-Дону» — так в 1960–1990-х годах отвечали столичные историки на вопрос о направлении научной командировки. Ростов-на-Дону стал домом для выдающегося отечественного историка при драматических обстоятельствах. Защита его кандидатской диссертации проходила в условиях позднесталинской кампании по борьбе с «безродным космополитизмом» (1948–1953), который понимался как сознательное принижение роли русского народа в мировой истории, направленное на подрыв чувства советского патриотизма. «Безродным космополитом» могли объявить за любую попытку объективного анализа событий прошлого. Кампания имела отчетливую антисемитскую направленность, что объяснялось юдофобией Сталина и части партийной элиты, а также выраженным бытовым антисемитизмом населения СССР. Александр Пронштейн защищал диссертацию «Великий Новгород в XVI веке» в Московском государственном университете в самый разгар борьбы с космополитами — шел 1949 год. Защит было две. Первая прошла блестяще, диссертационный совет высказался за присуждение историку не кандидатской, а сразу докторской степени. Но вскоре университетская администрация приняла решение о повторной защите, сославшись на нарушение процедуры. Вторая защита Пронштейна проходила напряженно, о присуждении докторской степени речи уже не было. Историку поставили в вину статистику. В последней главе пронштейновской диссертации были приведены данные, по которым получалось, что Новгород был экономически процветающим центром до разорительного похода Ивана Грозного 1569–1570 годов. Царь выходил банальным грабителем. Такого советские чиновники и ученые-карьеристы простить не могли, ведь сам Сталин оценивал Ивана Грозного очень высоко. В разговоре с режиссером Сергеем Эйзенштейном 26 февраля 1947 года он отметил: «Царь Иван был великий и мудрый правитель… Мудрость Ивана Грозного состояла в том, что он стоял на национальной точке зрения и иностранцев в свою страну не пускал, ограждая страну от проникновения иностранного влияния».
Несмотря на резкую критику, кандидатскую степень Пронштейну все же присудили, но заставили уехать из Москвы. Так Александр Павлович Пронштейн оказался в Ростове-на-Дону, где стал заниматься совершенно другой научной темой — историей Дона и донского казачества.