22 августа казак Илья Колесников показал, что Евграф Грузинов, говоря о тяжелом положении донского казачества, отмечал, что «земля казачья заселена слободами, а мы ничего не имеем, а только на один дом землю». Указывал Колесников и на то, что Грузинов «ругал притом в горячности матерно самого государя императора». Несмотря на все усилия следователей, кроме подобных свидетельств «произнесения мерзостных браней на особу государя императора» каких-либо признаков масштабного заговора найти не удалось. О сочинении Евграфа Осиповича знал только Петр Грузинов, который в ходе допроса указал на то, что эти «зловредные бумаги» его старший брат писал «своей рукою» — то есть самостоятельно, без соавторов и единомышленников. Допросить отца братьев Грузиновых и вовсе оказалось невозможно, так как он был разбит параличом и «не мог ни одного слова вымолвить».
Евграф Грузинов был приговорен к четвертованию. Но смертная казнь в Российской империи была отменена в 1754 году, а вместо нее практиковали наказание «нещадно кнутом», которое позволяло запороть человека насмерть. Именно эта страшная экзекуция и ожидала казака-вольнодумца.
4 сентября Черкасск был взбудоражен радостной вестью из Петербурга. Император Павел I помиловал всех казаков, обвиняемых в укрывательстве беглых крестьян. Царское помилование было торжественно зачитано атаманом Орловым в войсковой канцелярии. «По прочтении всевысочайшего указа представлял я всему собранию, сколь много обязаны мы чувствовать высокомонаршую милость и впредь всемерно удаляться от подобных зловредных покушений…» — писал Орлов в рапорте императору. Казаки поклялись в прекращении приема беглых и обязались искоренить эту практику «всепрележнейшим один за другим смотрением». После атамана с короткой речью выступил генерал Кожин. В его словах о важности совершенного казаками преступления и величайшем милосердии, проявленном монархом, можно было заметить скрытую угрозу. Но казаки уже поверили своему счастью. Как писал Орлов: «…Вашего императорского величества благоволение мгновенно разнеслось по всем частям города и повсюду слезы горести переменились в слезы обрадования и благодарнейшее подъятие рук к небу».
С указом о помиловании из столицы был привезен и утвержденный высшей властью приговор Евграфу Грузинову — «наказать нещадно кнутом». Это означало смерть. Атаман Орлов поспешил исполнить царскую конфирмацию, и утром 5 сентября 1800 года Грузинова повели на эшафот. Место казни было оцеплено многочисленным вооруженным караулом, который держал на расстоянии толпу зевак. После прочтения повеления о признании Грузинова виновным в «недоброжелательном отношении к государству» над головой отставного гвардейского полковника в знак лишения всех чинов и прав была сломлена его шпага. Площадь огласил свист кнута. Если верить дневниковой записи очевидца — священника Василия Рубашкина, Евграфу Грузинову было нанесено более 400 ударов кнутом. Один из вожаков Есауловского бунта (1792–1794) Иван Рубцов умер после 251 удара. Грузинова истязали наверняка, не оставляя надежды выжить. Спустя час после завершения казни он скончался. Любопытны заключительные слова записи Рубашкина, следующие непосредственно за описанием экзекуции Грузинова: «Да будет сие виновнику в наказание, а нам в памятование, да будем верны, почтительны и нелицемерны к Богу, закону, государю и отечеству».
На этом казни в 1800 году на Дону не закончились. Своей участи ожидали четыре казака, которые, приезжая к старшему Грузинову за долгами, слышали его «мерзкие речи». Их обвиняли в недоносительстве на государственного преступника и посчитали за сообщников Евграфа Осиповича. Под арестом находился и Петр Грузинов. Его следственное дело было признано общим с делом старшего брата и его «сообщников».
Казаков, обвиненных в недоносительстве, могло быть и пятеро, но отставной майор Катламин на допросе настойчиво отрицал произнесение Грузиновым «дерзостных и бранных слов» на особу императора. Старый казак (Катламину было 63 года), вероятно, понял, чем могут обернуться его правдивые показания. Ивана Афанасьева, Зиновия Касмынина, Василия Попова и Илью Колесникова признали виновными и приговорили к «отсечению головы». Решение Черкасского суда отправили в Петербург для получения письменного подтверждения. Ожидалось, что из столицы придет ответ, согласно которому обезглавливание «милосердно» заменялось на нещадное битье кнутом, ведь смертная казнь официально была запрещена. Затруднительной неожиданностью стал рескрипт из столицы, по которому решение суда и мера наказания ничуть не изменялись. Историк Александр Сапожников предположил, что причиной этой коллизии стала леность петербургского бюрократа, который не стал разбираться в пухлом судебном деле, а прочитал только сопроводительный рапорт атамана Орлова, где донской начальник намеревался осужденных казаков «по силе законов казнить смертью». Казнить по закону — запороть насмерть. Именно это решение подтвердили в столице.