Борьба с расколом и раскольниками из дела сугубо церковного становилась задачей государственной. Старообрядцы же, признанные официальной церковью еретиками, получали незавидный статус государственных преступников, которых надо судить гражданским судом. Все это активно обсуждалось в высших кругах еще до собора, но именно на нем такие меры борьбы с расколом получили подтверждение.
Собор предписывал «противников святой церкви» передавать «градскому суду и по своему государеву рассмотрению, кто чего достоин указ чинить». Воеводы, в руках которых была власть на местах, должны были арестовывать старообрядцев и предавать их суду. Чтобы организовать эффективную борьбу с расколом на периферии государства, собор принял решение об открытии четырех новых кафедр, одна из которых — Воронежская — была призвана начать войну с расколом и раскольниками на Дону.