Положение в институте и в Главном управлении Северного морского пути создалось неблагополучное. После удачных плаваний грузовых судов по трассе Северного морского пути в навигацию 1935 и 1936 годов, в 1937 году во льдах застряли десятки грузовых судов и ледоколов. Основной причиной было незнание гидрометеорологических условий. Ледовые прогнозы и рекомендации об условиях плавания во льдах основывались на малых рядах наблюдений и были еще ненадежны. Ученые и мореплаватели сделали правильные выводы о необходимости мобилизации научных сил на разработку основ ледовых прогнозов в Арктическом институте. При руководстве Главсевморпути в Москве был создан сектор информации ледовой службы и службы погоды, подчиненный Арктическому институту. Для сбора оперативной информации о состоянии льдов в арктических морях была налажена регулярная ледовая авиаразведка.
Эти и другие меры позволили в последующие годы избежать крупных просчетов и аварий. Трасса Северного морского пути постепенно продолжала осваиваться. Но тогдашнему руководству страны казалось, что причины первых неудач в новом деле крылись во вредительстве. Полоса сталинских репрессий распространилась и на арктические дела. Был репрессирован создатель и многолетний директор Арктического института Рудольф Лазаревич Самойлович. По обычаю того времени его обвинили в шпионаже. Он погиб где-то в сибирских лагерях, реабилитирован был только после смерти Сталина.
В этот же период были репрессированы другие полярные исследователи и руководители. Отто Юльевич Шмидт был снят с поста начальника Главного управления Северного морского пути. Его не решились арестовать – по-видимому, потому, что слишком была велика его популярность в мире. Его откомандировали в Академию наук.
В 1939 году начальником Главсевморпути был назначен Иван Дмитриевич Папанин, а директором Арктического института – Евгений Константинович Федоров.
Но в том же году Федорова переводят в Москву на более высокий пост – начальника Главного управления Гидрометеорологической службы при Совете Народных комиссаров СССР.
Одновременно Федоров старается активно выполнять свои депутатские обязанности. (Еще на дрейфующей станции он, как и другие его товарищи, был избран депутатом Верховного Совета СССР.) Обязанности депутата Верховного Совета были в те годы в основном почетными, но со свойственной ему деловитостью и добросовестностью он периодически ездит в Киргизию, в Иски-Наукатский район Ошской области, к своим далеким избирателям, стремится сделать для них что-нибудь полезное.
Обстановка того времени при приезде депутата была парадной, тем более торжественно были обставлены приезды всемирно известного легендарного героя-полярника.
В Москве же начиналась большая, ответственная научно-организационная и государственная деятельность по организации и развитию гидрометеорологической службы Советского Союза.
Е.К. Федоров знал, что еще Ломоносов писал: «Если бы люди умели правильно перемены погоды предвидеть, то ничего больше от бога им не следовало бы требовать».
Основой гидрометеорологической службы является сеть станций. Эти станции создавались еще до Великой Октябрьской социалистической революции, но их было мало, и принадлежали они разным ведомствам. В период гражданской войны многие станции были разрушены. В начальный период восстановления народного хозяйства обнаружили недостаток сведений о климате, режиме рек и других систематических данных о природных явлениях. Созданы были гидрометеорологические подразделения при Военно-Морском флоте, при Красной Армии, Наркомземе. При Наркомпросе в 1919 году был создан Российский гидрологический институт (впоследствии Государственный гидрологический институт).
Проектирование и осуществление плана ГОЭЛРО потребовало резкого увеличения объема гидрологических сведений. В 1920 году приказом ВСНХ была основана Северная научно-промысловая экспедиция – впоследствии Арктический научно-исследовательский институт. В 1920 году в Москве была организована Аэрологическая обсерватория для изучения высоких слоев атмосферы. Эти и другие организации создавали станции, посты, лаборатории. Но нужна была единая общегосударственная гидрометеослужба. Начало ей было положено декретом Совета Народных Комиссаров РСФСР, подписанным В.И. Лениным в 1921 году, – «Об организации метеорологической службы в РСФСР». Декрет определил роль Главной физической (впоследствии – геофизической) обсерватории как центрального органа страны по научно-исследовательскому и научно-методическому руководству всеми метеорологическими наблюдениями в стране.