После войны в стране с новым размахом начались аресты, фабрикация дел против лучших людей. Машина сталинского режима заработала с новой силой. По указанию тогдашнего министра Госконтроля Мехлиса, скорее всего по чьему-то доносу, в ГУГМС была прислана комиссия этого ведомства. В сути научной и оперативной работы комиссия не разбиралась, да, по-видимому, этими вопросами не особенно и интересовалась, а состряпала свое заключение по вопросам связи с иностранцами в годы войны. Начиналась борьба с так называемыми космополитами. Без каких-либо объяснений 22 августа 1947 года постановлением Совета Министров СССР, подписанным И.В. Сталиным, Е.К. Федоров был снят с должности начальника ГУГМС, лишен воинского звания генерал-лейтенанта, разжалован в рядовые и предан суду чести. Суды чести были созданы Постановлением СМ СССР и ЦК ВКП(б) от 28 марта 1947 года за № 748.
Федорова, к счастью, не арестовали, но его первого заместителя, Якова Соломоновича Либина, соратника и друга по зимовкам в бухте Тихой, на мысе Челюскин, пришли арестовывать. Во время обыска в квартире Либин застрелился.
Почему не арестовали Федорова? Сказать трудно. Может быть, потому, что он был слишком известен в стране и в мире, а может быть, Сталин вспомнил, как он в 1938 году пестовал папанинцев.
В это же время был освобожден от руководства Главным управлением Северного морского пути Иван Дмитриевич Папанин, правда, с оставлением всех материальных привилегий и воинского звания контр-адмирала.
Суд чести был сформирован из подчиненных Федорова. Председателем суда был назначен А.А. Ющак, тогдашний директор Центрального института прогнозов.
Суд проходил с 3 по 6 октября 1947 года. Кроме Федорова к суду были привлечены руководители иностранного отдела службы. Подсудимые обвинялись в «антипатриотических и антигосударственных поступках».
Что же выяснилось на этом суде? Если смотреть с позиции сегодняшнего дня, то предъявленные обвинения кажутся смехотворными, но тогда они были трагическими.
Обвиняли, например, в том, что при консультировании английских пилотов в специально оборудованной приемной о погоде на предстоящей трассе полетов, на которой присутствовали представители английской и американской миссий, ведавшие метеослужбами своих стран, с ними велись разговоры не о погоде на трассе, а о применяемых методах прогноза погоды, системе взаимной передачи гидрометеорологической информации.
По просьбе британской миссии и по указанию Федорова англичанам были переданы образцы радиозонда, аэростатного метеорографа, самолетного метеорографа, самолетного психрометра и гигрометра, некоторой справочной литературы и наставлений, причем приборы являлись серийными, а литература была совершенно открытой. Но подсудимые обвинялись, тем не менее, не в передаче секретных сведений, а в заискивании перед иностранцами. Хотя от наших союзников мы получали такого же рода вещи. Подсудимых обвиняли также в том, что они, зная английский язык, вели на нем разные разговоры на приемах в иностранных миссиях, а лично Федорова – еще и в том, что он посещал вечера и банкеты на квартирах у иностранцев и приглашал иностранцев к себе на дачу.
Федоров не отрицал этих фактов, но сказал, что он информировал о своих деловых связях заместителя министра иностранных дел А.Я. Вышинского, которому В.М. Молотов поручил определять порядок взаимоотношений с иностранцами.
По официальному разрешению иностранным представителям была дана возможность ознакомиться с работой регионального управления Гидрометслужбы. Таковым было выбрано управление в Горьком. Но Федорову было предъявлено обвинение в том, что он допустил поездку на пляж, причем кроме мужчин в купании участвовало несколько женщин – сотрудниц Горьковского управления. С особым пристрастием об этом допрашивал на суде секретарь партбюро ГУГМС Золотухин, придавая событию аморальную окраску. Евгений Константинович сообщил, что на пляж он не ездил, но по информации своих подчиненных знает, что ничего аморального на пляже не произошло.
Федорову и его помощникам по иностранным делам было предъявлено обвинение, что, подписывая письма, они употребляли выражения «искренне Ваш», «сердечно преданный», «искренне благодарный», «рад сообщить Вам». Это было расценено судом как «потеря элементарного политического чутья».