Для обобщения и хранения всей собираемой информации в 1943 году был создан Центральный государственный архив, который начал оснащаться парком счетно-аналитических машин. Для составления климатических справочников, разного рода военно-географических описаний, разработки методов прогнозов требовался длительный ряд гидрометеорологических наблюдений по всем регионам страны, а по возможности – по всему земному шару, что повлекло за собой необходимость механизированной обработки материалов.
Во время войны впервые в метеорологии стали применяться методы радиолокационных наблюдений – сначала для определения ветра на разных высотах, а затем для наблюдений за облачностью и другими метеорологическими явлениями. Особого внимания требовало обслуживание военной авиации, летавшей в тыл врага. Одни и те же условия погоды – например, низкая облачность в районе цели – иногда затрудняли действия бомбардировочной авиации, но в то же время облегчали скрытый подход и внезапное появление из-за туч над целью самолетов-штурмовиков. Туман в районе аэродрома мешал взлету и посадке базировавшихся на них самолетов, но и предохранял их от бомбежки авиацией противника. Кучевая облачность средней мощности облегчала действия истребителей, но мощная кучевая и грозовая облачность сковывала действия всей авиации.
Во время войны проявился талант Е.К. Федорова как большого организатора науки и оперативной деятельности. По существу, многие разделы и направления гидрометеорологической службы пришлось в это время не только перестраивать, но и создавать заново. А это было нелегко в условиях войны и трудного взаимодействия с Государственным Комитетом обороны, и со И.В. Сталиным в частности. Но Федоров блестяще справился и с этим, о чем свидетельствуют правительственные военные награды: два ордена Отечественной войны I степени (один орден – за обеспечение военных операций Красной Армии, второй – за руководство научными исследованиями, выполненными в эти годы и имеющими государственное значение), орден Кутузова II степени.
Когда началось победоносное продвижение советских войск на запад, Федоров занялся восстановлением гидрометеорологической сети на освобождаемых территориях. Он часто выезжал на места, отыскивал старых специалистов, назначал новых, помогал доставать приборы и оборудование для оснащения станций, восстанавливал органы управления Гидрометслужбой, бюро погоды.
В 1945 году Федоров ездил в Потсдам под Берлином для восстановления работы расположенной здесь крупной геофизической и гидрометеорологической обсерватории, исследовательских институтов. В значительной мере благодаря Федорову здесь в скором времени сосредоточилось управление гидрометеорологической службы Германской Демократической Республики.
В период войны Евгению Константиновичу пришлось часто встречаться и вести дела с представителями дипломатических миссий наших союзников – англичанами и американцами: бывать на дипломатических приемах, обмениваться научной литературой, наставлениями по прогнозам, вести беседы, принимать специалистов этих стран, договариваться об обслуживании перелетов из Советского Союза в Англию и Америку и из Америки и Англии в Советский Союз. Особенно ответственным было обслуживание самолетов, доставлявших членов правительств и правительственных делегаций. Со всеми этими задачами Федоров и его помощники справлялись успешно, без каких-либо замечаний.
Одновременно Федоров вел большую общественную деятельность. Он был первым председателем созданного во время войны Антифашистского комитета советской молодежи. В 1945 году он был избран делегатом Всемирной конфедерации демократической молодежи, заседания которой проходили в Лондоне и Париже. Тогда же была создана Всемирная организация демократической молодежи. Тридцатипятилетний советский ученый был одним из инициаторов ее создания.
В сентябре 1945 года Гидрометеорологическая служба из Министерства обороны была передана в ведение Совета Министров СССР и снова стала называться Главным управлением Гидрометеорологической службы при СМ СССР.
В 1946 году Е.К. Федоров возглавил советскую делегацию на международной метеорологической конференции в Женеве. В том же году он был удостоен Сталинской премии по науке.
Великая Отечественная война кончилась. Надо было приступать к переводу Гидрометслужбы на мирные рельсы. На коллегии Главного управления Гидрометслужбы был обсужден и принят план развития и размещения сети станций и постов, составленный в канун войны и по понятным причинам отложенный. В этом плане была утверждена классификация сети, типовые табели оборудования и штатов.
В Главной геофизической обсерватории (ГГО) и Центральной аэрологической обсерватории (ЦАО) начались систематические исследования в области активных воздействий на процессы погоды. Координировал их Евгений Константинович Федоров, инициатор этих важных работ. Создавались экспериментальные базы при Государственном гидрологическом институте (ГГИ), ГГО, ЦАО.