Окончательное формирование единой гидрометеорологической службы было определено постановлением ЦИК СНК СССР «Об объединении гидрологической и метеорологической службы Союза СССР» от 7 августа 1929 года. В постановлении было сказано, что при Совете Народных Комиссаров Союза СССР создается Гидрометеорологический комитет Союза ССР в целях организации единой гидрологической и метеорологической службы на территории СССР и наилучшего обслуживания всех отраслей народного хозяйства и обороны страны. Вскоре были созданы соответствующие подразделения в союзных республиках.
Позднее Гидрометеорологический комитет был преобразован в Главное управление Гидрометеорологической службы при Совете Министров СССР.
В тридцатые годы были созданы сотни гидрометеорологических станций. Многие из них располагались в труднодоступных местах – на высоких горных хребтах, на ледниках, в пустынях, на необитаемых островах. Была создана сеть научно-исследовательских институтов, появились центры сбора оперативной гидрометеорологической информации и прогнозов. Кроме наземных наблюдений на многих станциях было введено радиозондирование атмосферы до высот 20–30 километров.
При Е.К. Федорове в службе прогнозов погоды началось составление карт барической топографии. Это позволяло определять барические, термические поля, атмосферные фронты, определять ветер на разных высотах, а следовательно, повышало надежность прогнозов погоды.
Федоров быстро разобрался в сложном хозяйстве Гидрометслужбы и умело руководил ее разнообразной деятельностью. Было запланировано создание заводов для производства гидрометприборов. Он призывал конструкторов разрабатывать – и создавал условия для этого – новые приборы, автоматические метеорологические станции, активно участвовал в обслуживании новых методов прогнозов.
Арктика напоминала о себе время от времени. В 1939 году внимание прессы и радио приковал к себе ледокольный пароход «Седов», еще осенью 1937 года попавший в ледовый плен севернее Новосибирских островов и через два с половиной года вынесенный в Гренландское море. Весна 1941 года была отмечена посадкой самолета «СССР-Н-169» в районе «полюса относительной недоступности», выполненной в ходе экспедиции под руководством Я.С. Либина, который после переезда Федорова в Москву стал директором Арктического института. Экспедиция выполнила интересные наблюдения с дрейфующего льда. Об этом тоже был «шум» в прессе.
Но для Федорова все это было в прошлом. Иногда он сожалел, что не может больше участвовать в экспедициях, но только иногда – у него были теперь свои заботы, более прозаические.
Под его руководством разрабатывался перспективный план развития гидрометеорологической сети станций и постов.
Но в одно мгновение все изменилось – на Советский Союз напала гитлеровская Германия, началась война. Все было перестроено на оборону.
15 июля 1941 года постановлением Государственного Комитета обороны и Ставки Верховного Главнокомандующего Гидрометслужба была подчинена Народному комиссариату обороны. Многие работники Службы стали военными. Е.К. Федоров получил звание бригадного инженера, а позднее – генерал-лейтенанта.
В связи с войной изменился характер работ. Все усилия были направлены на обеспечение фронта. При фронтах и армиях создавались подразделения по гидрометеорологическому обеспечению военных операций. Развернулись работы по составлению разного рода климатических и гидрологических описаний, работы прикладного характера – изучалась проходимость различных форм местности для механического транспорта.
В связи с тем, что из западных районов СССР, захваченных врагом, перестала поступать информация в органы службы погоды, потребовалось срочно изыскивать другие источники метеоинформации. Разрабатывались методы прогнозов погоды по «обрезанной» синоптической карте. В тылы противника сбрасывались на парашютах автоматические метеорологические станции. Они испытывались в партизанских районах, а их конструкторы месяцами воевали в партизанских отрядах, наблюдая за работой своих автоматических устройств. В 1942 году в Москве было организовано специальное конструкторское бюро по созданию метеорологических станций и приборов. (В 1948 году это бюро было реорганизовано в Научно-исследовательский институт гидрометприборостроения – НИИГМП.) В Свердловске, Москве и Ташкенте были созданы заводы гидрометеорологического приборостроения. Морской отдел Государственного гидрологического института перестал функционировать в блокадном Ленинграде. Поэтому в Москве на его базе был создан Государственный океанографический институт (ГОИН) для обслуживания военных операций на морях.