Его историко-филологическая эрудиция была скоро замечена, и он был привлечен к работе над разного рода энциклопедиями, которых множество появилось в 60-е и последующие годы. Для Театральной и Музыкальной энциклопедий он написал огромное количество статей по античному театру и музыке, в том числе средневековой музыке Европы. Последняя по своей связи с латинским богослужением римско-католической церкви также оказывалась в компетенции филолога-классика. Много писал он и для большой советской энциклопедии. Однако самым ярким явлением тех лет оказалась «Философская энциклопедия» в пяти томах, которая произвела своего рода переворот в духовной жизни советской интеллигенции. Потаенное ликование измученного идеологией читателя вызывало то обстоятельство, что статья о Владимире Соловьеве была по своему объему больше, чем статья об Энгельсе. Особую значимость приобрели четвертый и пятый тома, опубликованные в 1967 и 1970 гг., в которых Аверинцеву принадлежат такие важные статьи, как «Новый Завет», «Обращение», «Откровение», « Григорий Палама», «Патристика», «Послания апостола Павла», «Православие», «Протестантизм», «София», «Спасение», «Судьба», «Теизм», «Теодицея», «Теократия», «Теология» и др. Казалось, что богословие, навсегда забытое русской мыслью, вновь возрождается в этой стране. Уже по выбору тем было видно, как широк круг интересов молодого филолога, — он включал в себя не только традиционные темы христианской образованности, но и историю богословских поисков в христианской Европе, а также множество аспектов культурной истории и философии культуры.
Необычной и значимой стороной энциклопедических статей Аверинцева был их язык. После многих десятилетий молчания, казалось, русская речь потеряла способность касаться вопросов метафизики, духовной культуры, христианской антропологии и даже самой веры. Нужно было совершить археологическое путешествие и прошлое и поместить обнаруженные реликты не в музей, а в новое, крайне неблагоприятное для них окружение и заставить их заново работать. И Аверинцеву это сделать удалось. Он опирался на свою глубокую языковую одаренность, исключительную начитанность, на живую связь с «серебряным веком» — с тем временем, когда эти темы в последний раз звучали в русской культуре во весь голос. Иногда казалось, что к жизни вернулся отец Павел Флоренский со своим сложным, труднопостижимым и столь возвышенным образом мысли и письма. В этих статьях произведена была тогда подлинная «реабилитация» русской речи. Этим, однако, еще не была освобождена дорога богословию, она еще и долго после этого была закрыта идеологическими рогатками. В статье «Символика раннего Средневековья», опубликованной в 1977 г. (перепечатана в настоящем сборнике), ссылки на Новый Завет даются с латинскими названиями книг (Evangelium secundum Lucae, etc.), что было, несомненно, цензурным условием, которое в своей близорукой ограниченности не допускало какого бы то ни было национального коррелята этим источникам древней словесности.
Аверинцеву нужно было преодолеть внутреннее сопротивление, чтобы десятилетием позже описать важнейшие понятия христиан- ( гва в ряде статей словаря «Мифы народов мира» (увидевшего свет н 1980 г.), который уже своим названием давал подчеркнуто атеистическую интерпретацию включенного в него материала. Здесь были опубликованы, в частности, статьи «Авраам», «Ад», «Адонаи», «Антихрист», «Благовещение», «Вознесение», «Воскресение Иисуса Христа», «Двенадцать апостолов», «Дух Святой», «Иисус Христос», имевшие определенную вероучительную направленность.
Эта открытость Аверинцева к сотрудничеству с теми организациями и силами, которые лояльно относились в советское время к властям предержащим и как бы шли им навстречу, несколько смущала постороннего наблюдателя. Его кандидатская диссертация, опубликованная как книга «Плутарх и античная биография. К вопросу о месте классика жанра в истории жанра» (М., 1973), тотчас была удостоена премии Ленинского комсомола, что не могло не показаться по крайней мере вычурной странностью. Лишь позже стало ясно, в какой степени Сергей Сергеевич воспринимал Россию как свою собственную страну, в какой степени он не желал уступать ее другим силам, которые заставляли людей менее убежденных, чем он сам, чувствовать себя в собственной стране эмигрантами. Его вклад в преодоление социальной и даже экзистенциальной изоляции, которую испытывала в России интеллигенция, был столь же велик, как вклад другого выдающегося ученого — Д. С. Лихачева.