В течение дня начальник штаба ЧФ Елисеев продолжал поддерживать с генералом Новиковым связь. В 14.10 он запросил: «Донести: можете ли принять «Дугласы»?», на что получил утвердительный ответ. Затем в 20.10 и в 20.45 от Новикова поступило еще две телеграммы, где говорилось об активности противника и о том, что обстановка продолжает ухудшаться. Тем не менее последняя заканчивалась фразами: «Начсостава 2000 человек [в] готовности [к] транспортировке. 35-я батарея действует». Несмотря на это, Елисеев ответил: «По приказанию командующего ЧФ «Дугласы» и морская авиация присланы не будут. Людей сажать на БТЩ, СКА и ПЛ. Больше средств не будет, эвакуацию на этом заканчивать». Почему Октябрьский так жестоко обошелся с теми, кто своей героической борьбой неоднократно доказывал высокое воинское мастерство и морально-психологические качества? Берег корабли и самолеты, которых после нескольких месяцев попыток снабжать Севастополь оставалось не так уж и много? Или, может, хотел, чтобы в живых осталось как можно меньше свидетелей его позора?
Так или иначе, получив эту телеграмму, в ночь на 2 июля Новиков и личный состав его штаба перешли на сторожевые катера. Сам генерал шел на катере «СКА-0112». Утром он и шедший рядом «СКА-0124» были перехвачены четырьмя немецкими торпедными катерами. В последовавшем бою «СКА-0124» затонул, а «СКА-0112» получил тяжелые повреждения и был взят немцами на абордаж. В плен попал 31 советский военнослужащий, включая генерала Новикова, комиссара 109-й дивизии А. Д. Хацкевича, бывшего командира крейсера «Червона Украина» И. А. Зарубу и еще нескольких старших офицеров. Новиков и Хацкевич погибли в плену, так что полные данные о последних сутках организованной обороны СОРа отсутствуют. Помимо «СКА-0112» и «СКА-0124» утром 2 июля советская сторона потеряла сторожевой катер «СКА-021», который был тяжело поврежден на рассвете немецкой авиацией и затонул около полудня, но уже после того, как находившиеся на нем люди перешли на борт «СКА-023» и «СКА-053».
Хотя сопротивление на мысе Херсонес все еще продолжалось, Манштейн по вполне понятным причинам поспешил доложить в ставку фюрера о взятии Севастополя. 1 июля вечером из сообщения немецкого радио он узнал, что ему присвоен чин генерал-фельдмаршала. По плану после ликвидации остатков советских войск на Херсонесе соединениям 11–й армии предоставлялось некоторое время на приведение себя в порядок, но летчикам VIII авиакорпуса отдых и не снился. Большей части остававшихся авиагрупп предстояло в ближайшие дни перебазироваться в район Харькова, а это значило, что немцы добровольно отказывались от завоеванного с таким трудом господства в воздухе над Черным морем. В распоряжении фон Вильдта, который вернулся к исполнению должности «Fliegerfuhrer Sud», оставались только три ударные группы — ветераны боев над Черным морем III/LG1 (до 12 июля), II/KG26 и I/KG100. Решить все поставленные на последующий период задачи было бы затруднительно, и фон Вильдт не удержался от соблазна оставить у Черноморского флота «добрую память» о VIII авиакорпусе в виде массированного удара по кавказским портам. В качестве официального предлога для организации налетов служили стремления сорвать возможную десантную операцию русских в Крым и эвакуацию войск СОРа.