Прототип этого варианта собрали на заводе «Арадо», в архивах которого отмечен выпуск одного Е-7 в период май – июнь 1940 г. Все указывает на то, что прототипом стал Bf-109E-3 с W.Nr. 1361, на который установили двигатель DB 601N, а также наружный пилон для ПТБ. Самолет с W.Nr. 1361 испытывался в Рехлине уже в июле 1940 г. Это свидетельствует о том, что, вопреки общепринятому мнению, идея оснастить мессер подвесным баком появилась у немецких специалистов раньше, чем был проанализирован опыт Французской кампании 1940 г.[85]
Выпуск Е-7 начали на заводах «Мессершмитт» в Аугсбурге, «Эрла» в Лейпциге и WNF в Вене в сентябре 1940 г. Вскоре к выпуску присоединились заводы «Физелер» в Касселе и «Арадо» в Варнемюнде. Выпуск Bf-109Е-7 планировалось продолжать до марта 1941 г., но из-за программы переделки старых самолетов до стандарта Е-7 последние машины этого типа поступали в части и в ноябре 1941 г. Всего же было собрано не менее 750 машин этого варианта. За 1941 г. известны только суммарные данные по Е-7 и Е-9. Было произведено 437 машин из 440 заказанных. Общий выпуск составил 788 самолетов обоих вариантов. С точки зрения массовости серии это был третий по многочисленности самолет после Е-1 и Е-3.
Bf-109E-7 стал первым мессером, в конструкцию которого внесли множество новых конструктивных решений, отработанных в ходе разных программ модернизации.
В самом конце 1940 г. начался, например, выпуск версии Bf-109E-7/Z, на которой устанавливалась система GM1 (Göring Mischung 1), позволяющая на некоторое время (не более 10 минут) повысить высотные характеристики двигателя путем впрыска закиси азота во входной канал турбонаддува. Она позволяла поднять мощность двигателя на 50 л. с. на высотах более 5000 м.
Идея использовать закись азота для поднятия высотности двигателей DB 601 была высказана летом 1940 г. Отто Луцем и осенью была опробована на одном из «Эмилей» в Рехлине. В ходе испытаний отмечался рост максимальной скорости на 60—100 км/ч на высотах 8000– 10 000 м, а скороподъемности на 2–3 м/с. Идея получила положительную оценку, и в декабре 1940 г. начался серийный выпуск системы GM1, причем минуя стадию так называемых войсковых испытаний. Параллельно рейхсминистерство авиации разместило заказы на производство нескольких десятков тонн закиси азота. Первый эшелон из 8 цистерн по 30 т каждая был готов к отправке уже 25 декабря 1940 г.
Несмотря на масштабную программу по подготовке и обучению, развернутую в Рехлине, освоение GM1 шло непросто. Однако ее все-таки удалось выполнить. Оборудование, необходимое для выпуска Bf-109E/Z прибыло на завод к 18 декабря, а к сборке первых самолетов приступили 20 декабря. Всего было выпущено 87 экземпляров. Последние 10 машин были готовы в марте 1941 г. Это были самолеты, переделанные из серийных Bf-109E-7/N. 5 машин этого типа, собранных в феврале, передали Японии и Советскому Союзу. От дальнейших работ в этом направлении отказались, поскольку началась подготовка к выпуску следующей модификации мессера.
Стоит заметить, что советских специалистов система GM1 особо не заинтересовала: одних смущала большая масса устройства (как-никак около 150 кг), другие и вовсе приняли GM1 за «химическое оружие». Видимо, не особо грамотных специалистов ввели в заблуждение кислородные маски, которыми комплектовались Bf-109.
Система подвески топливного бака была спроектирована так, что ее легко можно было превратить в пилон под 250-кг бомбу или под четыре 50-кг бомбы. Машины прежних серий, которые не имели подобного устройства, проходили переделку в заводских условиях. Поскольку вскоре после начала выпуска Е-7 люфтваффе приняло единую систему обозначений, дополнительный полевой и заводской комплект, соответственно модификации «Эмилей», получили новые обозначения. R1 и R2 стали именовать пилоны ETC 500 IXb и ETC50 VIIId соответственно, R3 – пилон для дополнительного бака, U1 – бронированный маслорадиатор под двигателем, U2 – бронированный картер двигателя и водяной радиатор под консолями крыла, U3 – разведывательная модификация «Эмиля» с двумя фотокамерами Rb12,5/30, a U4 – два фотопулемета BSK 16, установленные в консолях крыла на месте, предназначенном для пулеметов MG-17. Существовала еще одна модификация самолета, оснащенная пилоном SD-2. Такой пилон использовали в двух группах (по одной в составе JG52 и JG77), летавших на Bf-109E. Самолеты оборудовали пилонами в мае 1941 г., незадолго перед нападением на СССР. На практике все модификации «Эмилей», приспособленные нести бомбовую нагрузку, обозначали литерой «В».