Вероятно, в этой же системе были учтены и немногочисленные «Эмили», приспособленные на роль ночных истребителей. Эти самолеты оснащались радиомаяками ЕР-6, установленными в хвостовой части фюзеляжа и закрытые обтекателем. Довольно часто ночные истребители использовались в качестве ведущих машин в частях дневной истребительной авиации. Отдельные самолеты также оборудовали радиостанцией FuGVIIc вместо FuGVIIa. Она имела возможность работать совместно с радиостанцией FuGIIIa, которыми оснащались наземные пункты наведения. Такие машины внешне можно было отличить по двойной или тройной антенне.
Но еще до того, как начался выпуск Е-7, на заводе «Арадо» разработали версию «Эмиля», оснащенную четырьмя пулеметами MG-17 – Bf-109E-5. Он был создан на базе Е-1, конструкция которого была стандартизована. Но вскоре выяснилось, что люфтваффе не заинтересовано в так называемых пулеметных истребителях. Поэтому в конце мая было выпущено 29 машин Е-5 и выпуск их прекратили. Подобная судьба постигла и модификацию Е-6. Всего 9 таких самолетов выпустили с ноября 1940 г. по январь следующего. Вариант, оснащенный двигателем DB-601N, получил название Bf-109E-6/N.
Существовал также «легкий» вариант Е-7, получивший название Е-8. Bf-109E-8 также оснащался пилоном для подвесного бензобака и двигателем DB-601N. Было собрано всего 60 машин Е-8 на заводах «Физелер» и «Арадо» в сентябре – октябре 1940 г.
Модификации Е-5, 6 и 8 рассматривались в люфтваффе как разведчики.
Последним вариантом «Эмиля» был Bf-109E-9, выпуск которого начался в январе 1941 г. За месяц собрали 8 самолетов, после чего заказ на Bf-109E-9/N был аннулирован. Но производство самолетов этого типа продолжалось, поскольку в документах RLM отмечено, что весной 1941 г. завод WNF занимался выпуском Bf-109E-7, E-7/Z и E-9/N. Однако это были экземпляры, полученные в результате переделок старых машин, а не собранные изначально.
Bf-109E-9 нес тяжелое вооружение, но предназначался опять же для разведки. Конструкция самолета была стандартизована, то есть самолет оснащался дополнительным бензобаком и двигателем DB-601N. Кроме того, за бензобаком между вторым и третьим шпангоутом была установлена фотокамера Rb 50/30. Под камерой в фюзеляже имелся вырез без характерных для поздних модификаций обтекателей. Никаких других внешних отличительных признаков Е-9 не имел.
Несмотря на то что Е-9 выпускался в начале 1941 г., ни одна часть люфтваффе до середины 1941 г. этих самолетов не получала. Лишь 11-я эскадрилья ближней разведки Aufkl.Gr.14, действовавшая в Северной Африке, во второй половине получила Е-9 вместо старых бипланов Hs-126А. Этот факт можно объяснить тем, что Е-9 в документах могли выступать как Е-7. Такое предположение можно сделать на основании рапорта о повреждении Bf-109E-7 (W.Nr. 1299) из 4.(Н)/12, действовавшего на Средиземноморском ТВД в июне 1942 г.
Большое число «Эмилей» было в 1941 г. приспособлено для действий в тропических условиях. Основной моделью, переделываемой до стандарта trop, был Е-7. Кроме того, имелось некоторое количество Е-4, один Е-8, а позднее и Е-9. Однако приспособить «Эмиля» для тропиков оказалось не так просто.
В ходе подготовки высадки экспедиционного корпуса в Северной Африке выяснилась необходимость усилить наземные части авиацией, в том числе истребительной. Но тут выяснилось, что ни один немецкий самолет не приспособлен к эксплуатации в тропических условиях. Поскольку время уходило, было решено воспользоваться опытом итальянцев, с которыми немецкое командование вступило в оживленную переписку уже в сентябре 1940 г. Немцев интересовало все: и как уберечь экипажи от неблагоприятных погодных условий, и как камуфлировать самолеты. На основе полученной информации осенью того же года началась подготовка к действиям в Северной Африке.
Однако адаптация шла очень медленно. Несмотря на принятие так называемой «программы оси» (Achsenprogram), не удалось прийти к каким-либо практическим результатам. Например, Bf-109 должны были проходить доработку в мастерских в Беблингене с 4 ноября 1940 г., но к указанному сроку ни один самолет в мастерские доставлен не был. В третьей декаде октября был принят план, предусматривающий переделку 120 Bf-109E-7 и Е-8, но уже 30 октября цифра увеличилась в два раза.