Многие исследователи отмечали трагизм личности Крупской в условиях зарождения и укрепления тоталитарного режима Сталина. Ей, жене и другу Ленина, особенно было тяжело — ведь под колёса чудовищной машины репрессий попадали прежде всего старейшие члены партии, долгие годы работавшие рядом с Владимиром Ильичём. Использовала ли Крупская свой авторитет в партии, чтобы уберечь от расправы хотя бы лично известных Ленину людей? Историки знают такие случаи, но положительный исход их крайне редок. Увы, предотвратить гибель многих лучших друзей Ленина и своих товарищей ей было не под силу. На её протесты органы НКВД попросту не обращали внимания, оставляя их без ответа.
Можно представить себе отчаяние одинокой старой женщины, с мнением которой перестали считаться. Буквально со слезами на глазах умоляла она сохранить жизнь Емельянову, арестованному в 1935 году, тому самому питерскому рабочему, который прятал Владимира Ильича в шалаше у Разлива и которому Ленин в 1921 году просил оказывать полнейшее доверие и всяческое содействие, называя его лично известным ещё с дооктябрьского времени, давая лестные характеристики старому партийному работнику и одному из виднейших деятелей питерского рабочего авангарда. Не помогло заступничество Надежды Константиновны. Емельянова подвергли аресту в послепенсионном возрасте. В общей сложности он пробыл в заключении и ссылке около 20 лет. Никого не тронули жалостливые просьбы и слёзы убитой горем вдовы Ленина пощадить хотя бы семью Емельянова, его трёх сыновей, которые ребятишками помогали прятать Владимира Ильича в Разливе. Всем была уготована одна печальная судьба.
Столь же неудачной оказалась попытка Крупской вступиться за И. Пятницкого, члена ЦК ВКП(б), арестованного НКВД якобы за принадлежность к царской охранке. Не помогло даже её официальное выступление на июньском (1937 г.) Пленуме ЦК, где она заявила, что Пятницкий проверенный работник большевистского подполья, что по его вине не было ни одного провала, и обвинение в провокаторстве — нелепость, вздор. Протест, как и в большинстве других случаев, остался без последствий. Историкам известно лишь несколько фактов, когда её вмешательство помогало невинно арестованным выйти на свободу. Наиболее часто упоминаемое происшествие — освобождение И.Д. Чугурина, который 3 апреля 1917 года вручил Ленину партийный билет.
Чем вызвано такое, мягко говоря, невнимательное отношение Сталина и его ближайшего окружения к человеку, многие годы бывшему ближайшим другом и соратником Ленина, вместе с ним создававшему партию, Советское государство? Где истоки грубого пренебрежения к её мнению, игнорирования её точки зрения? Исследователи горбачёвской эпохи отмечали, что резкое изменение позиции Сталина к Крупской началось вскоре после смерти Ленина. Первое время он ещё как-то терпел её, хотя и критиковал, и одёргивал за якобы допущенные ею ошибки в изображении Ленина и ряда вопросов истории партии, заставляя послушную печать и науку «прорабатывать» упрямицу. Впрочем, это не помешало ему распорядиться об организации похорон со всеми почестями. Более того, он сам во главе членов Политбюро нёс урну с её прахом. А уже на другой день после похорон, с самого утра в квартиру на дачу умершей пришли незнакомые люди и произвели тщательнейший обыск. Часть архива была изъята, её судьба неизвестна до сих пор.
Потом случилось нечто такое, что и послужило питательной средой для разговоров об отравленном торте. Народ чутко реагирует на колебания настроений со стороны власть предержащих к усопшим соратникам. Если начали изымать книги из библиотек под разными предлогами — значит, дело нечисто. Крупскую в народе уважали, образ верной спутницы Ленина, делившей с ним все тяготы и невзгоды его многотрудной жизни, был весьма привлекательным. К тому же её многие знали, она часто выступала на фабриках и заводах, различных собраниях, занималась культурно-просветительной работой. И вдруг — как ножом отрезали, почти полное забвение. Работ не публикуют, ранее изданные с полок сняты, о ней самой в печати ни слова. Даже в дни революционных праздников. В 1940 году в Москве была организована большая выставка, посвящённая 40-летию создания «Искры». Увы, имени Крупской среди создателей и сотрудников этой газеты посетители не увидели.
При жизни уважение к ней внешне соблюдалось. До последних своих дней она жила в той же квартире в Кремле, в которой они жили с Владимиром Ильичём и Марией Ильиничной. Возили её те же шофёры — Гиль, Горохов, Космачев. На XIII и XIV съездах партии она избиралась в ЦКК, а с ХV съезда была членом ЦК. Избиралась во ВЦИК, ЦИК СССР, была депутатом Верховного Совета первого созыва и членом его Президиума. Занимала пост заместителя наркома просвещения.