В мае 1792 г. в Тайной экспедиции велся розыск по делу Н. И. Новикова. Он преследовался по обвинению в участии в масонской ложе. По поводу Новикова князь Прозоровский писал Шешковскому: «Жду от Ее Императорского Величества высочайшего повеления и сердечно желаю, чтобы вы ко мне приехали, а один с ним не слажу. Экова шута тонкого мало я видал». В другом письме тому же адресату он жалуется: «Птицу Новикова я отправил, правда, что не без труда вам будет с ним, лукав до бесконечности, бессовестен, и смел, и дерзок».
По делу Новикова также привлекли действительного статского советника Николая Трубецкого, отставного бригадира Лопухина и Тургенева. Новикова осудили на 15 лет тюремного заключения в Шлиссельбургской крепости, откуда выпустили досрочно лишь в связи с кончиной Екатерины II в 1796 г.
Новиков Николай Иванович (1744
1818) — просветитель, общественный деятель, писатель, масон. Содействовал просвещению в России, издавал журналы, книги по всем отраслям знаний. В своих сатирических журналах «Трутень», «Кошелек», «Живописец» выступал против крепостного права. В 1792 г. по приказу Екатерины II был арестован за «вольнодумство» и заключен в Шлиссельбургскую крепость. Многообразная деятельность Новикова сыграла значительную роль в истории русской культуры.При императрице запрещено было наказывать битьем дворянина и священника, бить без суда мещанина и простолюдина. В Тайной экспедиции на это не обращали внимания. Да и само дворянство не очень-то указу верило. Московский главнокомандующий граф Брюс требовал увеличения наказаний для простого люда: не пятьдесят ударов плетью назначать, а двести, пятьсот. «Но, — возражали ему, — так до смерти засечь можно!» — «Что ж их жалеть, это наказание вместо смертной казни». Брюса с трудом убедили, что смертная казнь отменена не затем, чтобы ее заменили смертельными истязаниями.
Сама Екатерина иногда прибегала к наказанию плетью, только негласно. Жена генерала Марья Кожина однажды прошлась шуткой по адресу императрицы. Та написала Шешковскому: «Кожина каждое воскресенье бывает в публичном маскараде, поезжайте сами и, взяв ее оттуда в Тайную экспедицию, слегка телесно накажите и обратно туда же доставьте со всею благопристойностью».
Ддя Шешковского же что дворянин, что крестьянин — все одно. При допросе студента Невзорова он заявил: «Государыня велела тебя бить четвертным поленом, коли не будешь отвечать». — «Нет, не верю, — кричал студент, — не могла так велеть государыня, которая написала наказ комиссии о сочинении Уложения!»
В 1793 г. Тайная экспедиция была занята розыском по делу отставного поручика Ф. Кречетова, арестованного по доносу Осипа Малевинского. Последний доносил, что Кречетов «сочиняет разные сочинения против царской власти, клонящиеся к соделанию бунта, а нередко говорил и на словах возмутительные речи, касающиеся до порицания особы Ее Императорского Величества и нынешнего правления». При обыске у Кречетова нашли неизданные сочинения об учреждении в России школ, типографий, об издании книг, организации «компании путешественников» по России, о преобразовании человеческого общества на основах законности. Особое внимание Тайной экспедиции привлекла записка Кречетова об издании в России «Основного государственного закона», по которому «монархи» должны были быть лишь «блюстителями» и «стражами» этого закона, а в противном случае лишались престола. Среди бумаг был найден и текст печатного объявления об открытии подписки на его сочинения. Заглавие — «Открытие нового издания, души и сердца пользующие, о всех и о вся, и обо всем, или Российский патриот и патриотизм».
Кречетова заключили в Петропавловскую крепость «под крепчайшей стражей» без права писать и встречаться с родными.
Преследованию Тайной экспедиции в 1792 г. был подвергнут купец Гавриил Попов за сочинения, в которых он под псевдонимом «Ливитов» писал о равенстве всех людей, осуждал порабощение человека человеком, продажу людей и предупреждал «вельмож» о возможности восстания «ожесточившихся земледельцев», то есть крепостных крестьян. Сочинения Попова признали вредными, и автора сослали в Спасо-Евфимьевский монастырь.
Екатерина II и Павел I были твердо убеждены, что «вольные мысли» и «дерзкие сочинения» появились в России под влиянием французской революции.