Высочайшее утверждение проекта здания Двенадцати коллегий произошло в январе 1724 г. Утвержденный проект не предусматривал лавки в первом этаже и канала параллельно зданию, идея создания которого принадлежала Петру. По мнению последнего, канал должен был служить для транспортирования мелких судов, доставляющих товары к Коммерц-коллегии, откуда они поступали бы непосредственно в кладовые подвала. К этой идее неоднократно возвращались и впоследствии. При Екатерине II комиссия по составлению проекта планировки и застройки Петербурга в докладной записке в 1767 г. защищала идею осушения редко высыхающей заболоченной части Васильевского острова напротив здания Двенадцати коллегий. Комиссия писала:
«К осушению того площадного места и к проезду к коллегиям мелкими судами позади Коллежских Департаментов по плану сделать из Большой в Малую Неву-реку канал». Проект этот так и не был осуществлен.
Ведение административно-хозяйственных дел строительства Сенат оставил за собой, а наблюдение за ним было возложено на генерал-прокурора. Строительство здания осуществлялось под непосредственным руководством автора проекта — Трезини. По его смете, стоимость всего здания составляла 117.567 руб. 48 коп.
В мае 1724 г. приступили к бойке свай для укрепления грунта. Под здание было забито около 14 000 трехсаженных свай толщиной от 5 до 8 вершков.
Следует заметить, что вначале был установлен весьма своеобразный порядок, заключавшийся в том, что каждое ведомство (коллегия) осуществляло строительство своей части самостоятельно (за исключением Аудиенц-коллегии и Сенатского департамента, для которых постройку вела Канцелярия от строений). Им отпускала строительные материалы Канцелярии от строений, та производила заготовку материалов и распределяла их между коллегиями пропорционально потребностям. Вскоре, однако, обнаружились недостатки этого весьма способа ведения работ, повлекшего за собой впоследствии окончание отдельных частей здания в разные сроки, и он был отменен. Строительство всего здания было объединено и передано в ведение Канцелярии от строений.
Здание было подведено под крышу только осенью 1727 г. Поэтому естественно, что указ от апреля 1727 г. о переводе в новое здание сенатских и синодских канцелярий осуществить не удалось. Но так как дальнейшее пребывание Сената и коллегий в мазанковом доме на Петербургской стороне стало невозможным, то в сентябре 1727 г. последовал указ Сената о размещении коллегий в зданиях частных лиц.
В 1732 г. состоялось первое заседание Сената в новом здании. Этот год признан официальной датой окончания строительства.
В 1741 г. была построена аркада в первом этаже и галерея во втором этаже вдоль фасада, обращенного во двор, а в 1750 г. было произведено покрытие крыши железом по новым стропилам. Этот год следует считать датой фактического окончания строительства здания Двенадцати коллегий.
Переселение коллегий в новое здание продолжалось с 1732 по 1764 г.
* * *
В то время как строительство на Васильевском острове производилось по проекту, в других районах Петербурга оно осуществлялось почти без всяких планов.
Оторванность Васильевского острова от внешних путей, ведущих вглубь страны, его низкое расположение и заболоченность территории — вот те причины, по которым строительство было переброшено на Адмиралтейский остров. К тому времени отпала необходимость в создании укреплений, которые предполагали осуществить на Васильевском острове, и потому он остров неизбежно должен был утратить свое значение.
В 1767 г. Екатериной II был утвержден предложенный комиссией план застройки, согласно которому только часть территории Васильевского острова включена в границы города, где расположены дворец Меншикова, здание Двенадцати коллегий и дом Академии наук (бывший дворец Прасковьи Федоровны).
Перемещение центра столицы с Васильевского острова вызвало строительство новых правительственных зданий на Адмиралтейском острове.
По распоряжению Екатерины II в 1764 г. начинается строительство набережных Невы. Строится здание Сената
и Синода, создаются здания для размещения других правительственных учреждений, и сюда постепенно переселяются коллегии.В освободившемся здании Двенадцати коллегий начинает свою деятельность Петербургский университет один из молодых в России. В это время столица имела уже 125 лет от роду и ее население доходило до 400 000 человек.
Мысль об учреждении университета в Петербурге возникла еще при Петре I. При Академии наук, учрежденной в 1725 г., находилась гимназия, называвшаяся университетом. Этот университет закрылся в 1762 г. С 1782 г. академики были привлечены к преподаванию в Учительской семинарии, которая в период создания Министерства народного просвещения в 1801 г. была преобразована и получила новое название Учительской гимназии, а через десять месяцев была переименована в Педагогический институт. Этот последний на протяжении 13 лет со дня основания рассматривался министерством народного просвещения как зерно «имеющего учредиться в С.-Петербурге университета».