Первыми были кардиналы, избравшие его. В качестве платы за свои голоса и для защиты от такого единоличного правления, как у Мартина, они побудили его подписать капитулы — буквально, заголовки — обещающие им свободу слова, гарантии для их должностей, контроль над половиной доходов и консультации с ними по всем важным делам; такие «капитулы» создали прецедент, которому регулярно следовали на папских выборах в эпоху Возрождения. Кроме того, Евгений нажил себе могущественных врагов в лице Колонны. Считая, что Мартин передал этой семье слишком много церковной собственности, он приказал вернуть многие участки, а бывшего секретаря Мартина замучил почти до смерти, чтобы выудить у него информацию по этому вопросу. Колонна выступила с войной против Папы; он победил их с помощью солдат, присланных ему Флоренцией и Венецией, но при этом вызвал враждебность Рима. Тем временем Базельский собор, созванный Мартином, собрался в первый год (1431) нового понтификата и вновь предложил утвердить верховенство соборов над папами. Евгений приказал его распустить; тот отказался, велел ему явиться к нему и послал миланские войска напасть на него в Риме. Колонна воспользовалась возможностью отомстить; они организовали в городе революцию и создали республиканское правительство (1434). Евгениус бежал вниз по Тибру в маленькой лодке, которую народ забрасывал стрелами, пиками и камнями.21 Он нашел убежище во Флоренции, затем в Болонье; в течение девяти лет он и курия были изгнанниками из Рима.
Большинство делегатов Базельского собора были французами. Они стремились, как откровенно сказал епископ Тура, «либо вырвать апостольский престол у итальянцев, либо так опустошить его, что уже не будет иметь значения, где он пребывает». Поэтому Собор брал на себя одну за другой прерогативы папства: он выдавал индульгенции, предоставлял послабления, назначал бенефиции и требовал, чтобы аннаты выплачивались ему самому, а не папе. Евгений снова приказал распустить ее; в ответ она низложила его (1439) и назначила Амадея VIII Савойского антипапой Феликсом V; раскол возобновился. Чтобы завершить очевидное поражение Евгения, Карл VII Французский созвал в Бурже (1438) собрание французских прелатов, князей и юристов, которое провозгласило верховенство соборов над папами и издало Прагматическую санкцию Буржа: церковные должности отныне должны были замещаться путем выборов местным капитулом или духовенством, но король мог давать «рекомендации»; апелляции к папской курии запрещались, кроме как после исчерпания всех судебных возможностей во Франции; сбор аннатов папой был запрещен.22 Эта санкция фактически создала независимую Галликанскую церковь и сделала короля ее хозяином. Годом позже на диете в Майнце были приняты меры по созданию подобной национальной церкви в Германии. Богемская церковь отделилась от папства во время гуситского восстания; архиепископ Праги называл папу «зверем Апокалипсиса».23 Вся конструкция Римской церкви казалась разрушенной до основания; националистическая Реформация, казалось, была создана за столетие до Лютера.
Евгения спасли турки. Когда османы все ближе подходили к Константинополю, византийцы решили, что Константинополь стоит римской мессы и что воссоединение греческого и римского христианства — необходимая прелюдия к получению военной помощи с Запада. Император Иоанн VIII отправил посольство к Мартину V (1431), чтобы предложить собор обеих церквей. Базельский собор направил посланников к Иоанну (1433), объясняя, что собор превосходит по силе папу, находится под покровительством императора Сигизмунда и обеспечит деньги и войска для защиты Константинополя, если греческая церковь будет иметь дело с собором, а не с папой. Евгений отправил собственное посольство, предлагая помощь при условии, что предложение об унии будет представлено на новом соборе, который он созовет в Ферраре. Иоанн принял решение в пользу Евгения. Папа созвал в Феррару тех представителей иерархии, которые все еще были ему верны; многие ведущие прелаты, включая Чезарини и Николая Кузского, оставили Базель ради Феррары, чувствуя, что первостепенное значение имеют переговоры с греками. Собор в Базеле продолжался, но с нарастающим отчаянием и падением престижа.