В 1514 году он начал работу над залом, известным по его главной картине как Станца дель Инсендио дель Борго. Средневековая легенда повествует о том, как папа Лев III (795–816), лишь осенив себя крестным знамением, потушил пожар, грозивший уничтожить Борго, то есть район Рима вокруг Ватикана. Вероятно, Рафаэль сделал только карикатуру для этой фрески, а ее роспись поручил своему ученику Джанфранческо Пени. Тем не менее это мощная композиция, выполненная в лучшем для Рафаэля эпизодическом повествовательном стиле. Смешивая классические и христианские сюжеты, Рафаэль показал слева красивого и мускулистого Энея, несущего в безопасное место своего старого, но мускулистого отца Анхиза. Другой обнаженный мужчина, прекрасно прорисованный, свисает с верхней части стены горящего здания, готовый упасть; в этих трех обнаженных мужчинах очевидно влияние Микеланджело. Еще более рафаэлевской выглядит взволнованная мать, склонившаяся над стеной, чтобы передать своего младенца мужчине, подтягивающемуся на цыпочках снизу. Между величественными колоннами группы женщин взывают о помощи к Папе Римскому, который с балкона спокойно просит прекратить огонь. Рафаэль здесь по-прежнему на вершине своего мастерства.
Для остальных картин в комнате Рафаэль нарисовал карикатуры, возможно, в этом ему помогали ученики. На основе этих карикатур Перино дель Вага написал над окном «Клятву Льва III, оправдывающегося перед Карлом Великим» (800); на стене у выхода другой, более значительный ученик, Джулио Романо — единственный коренной римлянин, прославившийся в искусстве Ренессанса, — изобразил «Битву при Остии», в которой Лев IV (удивительно похожий на Льва X) отбросил вторгшихся сарацинов (849); в других помещениях способные ученики написали идеализированные портреты государей, заслуживших благоволение церкви. На последней картине, «Коронация Карла Великого», Лев X становится Львом III, а Франциск I, изображенный в образе Карла Великого, по доверенности реализует свое стремление стать императором. Картина перекликается со встречей Льва с Франциском в Болонье за год до этого (1516).
Рафаэль сделал несколько предварительных эскизов для четвертой станцы, Зала ди Костантино; картины были выполнены после его смерти под патронажем Климента VII. Тем временем Лев X призвал его приступить к оформлению Лоджий, то есть открытых галерей, построенных Браманте для окружения двора святого Дамаса в Ватикане. Рафаэль сам завершил строительство этих галерей; теперь (1517–9) он разработал для потолка одной галереи пятьдесят две фрески, пересказывающие библейскую историю от Сотворения мира до Страшного суда. Собственно роспись была поручена Джулио Романо, Джанфранческо Пенни, Перино дель Вага, Полидоро Кальдара да Караваджо и другим, а Джованни да Удине украсил пилястры и софиты арок восхитительными рисунками и арабесками, выполненными лепниной и красками. В этих лоджийских фресках иногда использовались темы, которые уже были рассмотрены на Сикстинском потолке, но более легкой рукой и в более домашнем и веселом духе, стремясь не к величию или возвышенности, а к приятным эпизодам, таким как Адам, Ева и их дети, наслаждающиеся плодами Эдема, Авраам, которого посетили три ангела, Исаак, обнимающий Ребекку, Иаков и Рахиль у колодца, Иосиф и жена Потифара, нахождение Моисея, Давид и Вирсавия, обожание пастухов. Эти маленькие картины, конечно, не могут сравниться с картинами Мишеля Анджело; они относятся к другому миру и жанру — миру женской грации, а не мужской силы; они — знак легкомысленного Рафаэля в его последние пять лет, в то время как Сикстинский потолок — это Микеланджело в апогее его сил.
Возможно, Лев немного завидовал потолку и той славе, которую он пролил на правление Юлия. Вскоре после восшествия на престол ему пришла в голову идея увековечить свой понтификат, украсив стены Сикстинской капеллы гобеленами. В Италии не было ткачей, которые могли бы сравниться с фламандскими, а Лев считал, что во Фландрии не было художников, которые могли бы сравниться с Рафаэлем. Он заказал художнику (1515) десять карикатур, описывающих сцены из Деяний апостолов. Семь из этих карикатур были куплены в Брюсселе Рубенсом (1630) для Карла I Английского и сейчас находятся в Музее Виктории и Альберта в Лондоне. Это одни из самых замечательных рисунков, когда-либо созданных. Рафаэль вложил в них все свое знание композиции, анатомии и драматического эффекта; в целом ряде рисунков немногие произведения превосходят «Чудесное привлечение рыб», «Поручение Христа Петру», «Смерть Анании», «Петр исцеляет хромого» или «Павел проповедует в Афинах» — хотя в последнем случае прекрасная фигура Павла украдена с фресок Масаччо во Флоренции.