Прошло около года, и у владыки обнаружилось воспаление предстательной железы. Он очень страдал. Тогда владыка Нестор часто вспоминал содержание записки, переданной ему отцом Иоанном Сергиевым вместе с маленькой рюмочкой (пузырьком), наполненной какой-то жидкостью. «Отец Нестор, — писал кронштадтский подвижник, — половину испил я, остальное тебе допивать».
Было это в 1907 году, когда Владыка отправлялся на Камчатку. Лишь спустя более полувека смысл этой записки стал ясен. Дело в том, что отец Иоанн Кронштадтский тоже страдал воспалением предстательной железы, от этой болезни он и скончался.
— Теперь я допиваю чашу страданий праведного Иоанна, — говорил владыка. Будучи тяжелобольным, страдая от ужасных болей, митрополит Нестор всё равно служил. Во время службы его часто держали под руки.
Тогда мне казалась странной эта мысль. Но вот вам факт: епископ Афанасий (Сахаров) умер 28 октября 1962 года, владыка Нестор (Анисимов) — 4 ноября, митрополит Антоний (Романовский) — 7 ноября. Почти за одну неделю скончалось три архиерея. И это не единственный случай.
За девять месяцев до смерти мы были с владыкой Нестором под Москвой, в Переделкине на Патриаршей даче. Тогда, проходя мимо храма, владыка вдруг остановился, опёрся на посох и расплакался.
— Что случилось? — испуганно спрашивали мы. Он же отмахивался от нас, говоря сквозь слёзы:
— Отойдите, отойдите от меня.
Долго плакал, потом сказал:
— На этом самом месте будет лежать счастливейший из счастливцев на планете.
Митрополит Нестор, миссионер по призванию, был удивительно любвеобильным, ласковым пастырем. Жил он исключительно для людей, готовый всё отдать для их благополучия и личного счастья. Деньги не задерживались у него более одного дня. А когда он встречал человека, которому нужна была помощь, а помочь было нечем, владыка посылал меня к казначею епархии взять необходимую сумму в счёт его будущей архиерейской зарплаты. И получалось так, что зарплату владыка никогда не получал. Более того, уже после его смерти обнаружилось, что он должен епархии 38 тысяч рублей. Деньги немалые. Доложили Святейшему. А Патриарх сказал так:
— Считать деньги эти истраченными на дела милосердия. Митрополит Нестор ни копейки не взял для себя.
Уже после его смерти Патриарх сам указал это место для захоронения митрополита Нестора. Святейший не мог знать о предсказании Владыки. В гробу у митрополита Нестора был яркий румянец на щеках. Говорили, что это кровь играет. А многие даже предполагали, что он уснул летаргическим сном.