В девятнадцатом веке все большее распространение получали идеи милосердия и гуманизма, а протесты людей становились все громче, и решение проблемы было найдено. Когда сэр Эстли Купер, один из лучших учеников Хантера, предстал перед парламентским комитетом по расследованиям в 1828 году и сообщил его членам, что среди них нет ни одного, чей труп он не смог бы получить с помощью расхитителей могил на следующий день после их смерти, стало ясно, что настала пора действовать. В Великобритании и других странах были разработаны законы, регламентирующие правоотношения в области анатомии, обеспечивающие способы передачи врачам трупов частными лицами или гражданскими властями. Атмосфера сотрудничества между профессиональным медицинским сообществом и другими людьми постепенно улучшилась, поскольку все начали проявлять большее понимание проблем друг друга и общих задач в деле улучшения здоровья последующих поколений. Хотя случаи злоупотребления со стороны ученых-медиков (особенно против меньшинств и бедноты) встречались вплоть до нашего столетия, скандальных вопиющих происшествий становилось все меньше. В конечном итоге сформировался этический кодекс поведения, отражающий заботу исследователей о благополучии и правах тех, кого они изучали. Сегодня медики могут гордиться своей профессией, поскольку члены современных комитетов по расследованию нарушений прав человека являются самыми непреклонными защитниками прав и достоинства пациентов, которые так свободно нарушались их предками во имя науки сто лет назад.
На протяжении длительного периода плодотворных научных изысканий частная практика Джона Хантера также успешно развивалась. Начиная с 1775 года, когда он начал зарабатывать более тысячи фунтов, она достигла уровня, позволявшего ему более свободно расходовать средства на покупку любых образцов и необходимых для работы технических приспособлений. Его практика расширилась еще больше после того, как в 1776 году он был назначен главным хирургом короля. После смерти Персиваля Потта в 1788 году Хантер был признан первым хирургом Великобритании. Он занимал пост главного армейского хирурга и одновременно был генеральным инспектором полковых больниц, что приносило дополнительный доход, но отнимало много времени и сил.
Несмотря на успешную практику, Хантера никогда не привлекала однообразная работа, связанная с лечением пациентов. Он без колебаний отправлялся куда угодно, чтобы исследовать интересный случай или оказать помощь в решении сложных проблем в управлении клиникой, но его раздражала необходимость исполнения повседневных рутинных обязанностей. Пренебрегая правилами вежливости, он часто не скрывал своего недовольства, когда многочисленные состоятельные лондонцы приходили к нему с пустяковыми жалобами. Он считал свою огромную практику, ежедневно отнимавшую массу времени, лишь источником средств на исследовательскую работу, и всегда вел себя соответственно. Однажды он сказал своему ученику Уильяму Линну, когда собирался отправиться по вызовам на дом: «Что ж, Линн, я должен пойти и заработать эту проклятую гинею или завтра мне наверняка ее не хватит». Тем не менее он иногда отказывался от платы, если пациент был слишком бедным или лечение, по его мнению, оказывалось бесполезным.
Хантер, как и все хорошие хирурги, считал главным навыком целителя составлять собственное суждение, особенно если речь шла о назначении операции, когда консервативные меры не приводили к желаемому результату. В ту эпоху, до открытия антисептиков и анестезии, такая философия была не только разумной, но и необходимой, хотя многие считали иначе. Однажды он сравнил практикующего врача, прибегающего без необходимости к хирургической операции, с «вооруженным дикарем, который пытается получить силой то, что цивилизованный человек добивается хитростью».