Даже самые величайшие из исследователей, заканчивая обучение, должны пройти строгое заключительное тестирование, чтобы получить степень доктора. Названия курсов, по которым Лаэннек сдавал квалификационные экзамены в конце зимы и весной 1804 года, дают некоторое представление об учебной программе лучших медицинских школ того времени, включающей анатомию, физиологию, внутреннюю патологию и нозологию (формально закрепившую классификацию, основанную на органических нарушениях), фармакологию и фармацию, гигиену и судебную медицину и, наконец, терапию.
После успешной сдачи экзаменов Лаэннек переехал в новую квартиру, располагавшуюся на месте нынешнего бульвара Жермен. Возможно, преподавание патологии обеспечивало ему достаточный доход, чтобы он мог позволить себе арендовать более презентабельные апартаменты, но, скорее всего, он рассчитывал, что вскоре сможет получать достойный доход от частной практики. Мишо покинул Париж, чтобы занять место атташе при префекте Уаза, и вместо него соседом Рене по комнате стал старший сын дяди Гийома Кристоф.
Лаэннек начал работу над докторской диссертацией, темой которой была доктрина Гиппократа применительно к практической медицине. 11 июня 1804 года он успешно защитил ее перед жюри, состоящем из трех профессоров, одним из которых был Корвизар. Теофиль, никогда не упускавший перспективных возможностей, советовал сыну посвятить работу одному влиятельному министру правительства. Но Рене, не сомневаясь ни одной секунды, посвятил ее своему горячо любимому Пигмалиону – дяде Гийому.
Молодой выпускник добился наивысшего успеха, достижимого для французского студента-медика. Его избрали членом Общества медицинского образования – организации, которая в дореволюционные дни называлась Королевским медицинским обществом. Мало того, что он платил взносы за участие в собраниях его участников, он также автоматически становился официальным спонсором престижного журнала, посвященного вопросам медицины, хирургии и фармации (Journal of Medicine, Surgery, and Pharmacy). Хотя он опубликовал в нем ряд статей еще в студенческие дни, регулярное появление в печати его работ после окончания медицинской школы все больше способствовало его известности в научных кругах.
Среди своих многочисленных занятий Лаэннек каким-то образом находил время для изучения заинтересовавшей его культуры Бретани. Тогда в Париже вошло в моду все бретонское, и Рене также не избежал влияния этого своеобразного Ренессанса. Его отец прислал ему бретонскую грамматику, словарь и несколько книг, и Рене начал изучать язык с таким упорством, как будто от него зависело его сохранение для будущих поколений. Не прошло и года, как он смог продемонстрировать приобретенное мастерство в письмах домой; кроме того, в больницах Парижа он имел возможность разговаривать с многочисленными ранеными бретонцами, которые были счастливы общаться на кельтском диалекте с молодым врачом, чья забота казалась особенно целебной благодаря звучанию родного языка.
В этот же период Лаэннек обратился к католической вере своих предков. В детстве Рене религия не занимала большого места, поскольку его отец не был преданным адептом церкви. Повзрослев, Лаэннек изменил свое отношение к католицизму, очевидно, находя в прочной связи с религией и бретонской культурой внутреннюю опору, которая поддерживала его вдали от родины. Его явные роялистские политические наклонности, возможно, были неочевидным, на первый взгляд, проявлением потребности иметь в своей жизни источник авторитета и признания.
Наконец настал момент для только что получившего профессиональную квалификацию молодого врача начать свою практику. Он уже был известен как отличный врач, искусный хирург и преподаватель, а его больничные обходы и лекции привлекали все большее число студентов. Он был постоянным спонсором, а теперь стал и редактором крупного медицинского журнала. Лаэннек написал почти тысячу страниц чернового варианта работы по патологической анатомии, впрочем, так никогда и не опубликованной. Он не просто описал перитонит, правильнее сказать – он его исследовал. Он первым выяснил, что органы брюшной полости покрывают фиброзные капсулы, а также описал пигментные опухоли, в наши дни называемые меланомами. Лаэннек провел более двухсот вскрытий, чтобы доказать, что туберкулезная гранулема является основным элементом воспаления, так называемым патогномоничным признаком туберкулеза. Благодаря его работе наконец было установлено, что известная с древних времен чахотка является просто туберкулезом легких, то есть ответной реакцией одного органа на заболевание, способное поражать любую часть тела.