Всех вышеперечисленных успехов молодой Лаэннек достиг к возрасту, в котором современные студенты-медики только начинают знакомиться с первыми живыми пациентами. Его будущее казалось радужным, хотя он не получил назначения ни в одну из парижских больниц. Он продолжал ждать, а тем временем направил всю свою кипучую энергию на быстро расширявшуюся частную практику. Стареющие врачи время от времени оставляли различные преподавательские должности, но Лаэннеку никогда не удавалось успешно пройти конкурс и получить назначение или приглашение на освободившееся место, возможно, потому, что эгалитарный принцип системы на практике часто нарушался, а Лаэннек не имел влиятельных спонсоров. Он писал свои работы и продолжал регистрировать свои практические наблюдения, но почти все его время занимал уход за пациентами. В 1810 году его брат Мишо умер от туберкулеза, как и мать, но когда эпизодические боли в груди Рене начали усложнять его проблемы с дыханием, он называл их приступами стенокардии и упорно диагностировал свою часто возникающую одышку как астму.
В первые месяцы 1814 года удача изменила Наполеону и его войскам, в результате чего больницы Парижа заполнились ранеными, которые принесли с собой неизменно сопровождающую побежденные армии эпидемию тифа. Поскольку Лаэннек к тому времени был известным практикующим врачом, хотя и без преподавательской должности, он обратился к властям с просьбой позволить ему лечить солдат из Бретани в отдельном госпитале. Получив несколько палат в больнице Салпетриер, он взял себе в помощь трех молодых бретонских врачей, чтобы обеспечить своим соотечественникам то, в чем, по его мнению, они нуждались больше, чем в фармакологии и фармации. В заключение письма своему двоюродному брату Кристофу он описал лечение, которое считал наиболее эффективным: «Я должен ходить по палатам и разговаривать с больными, больше всех нуждающимися в утешении. Поскольку это самое лучшее лекарство, на которое я могу рассчитывать в заботе о моих бретонцах».
На протяжении большей части первой половины года Лаэннек проводил часы, а иногда и целые дни в палатах Салпетриера, создавая у солдат, находившихся под его опекой, ощущение прикосновения к дому и христианской благодати. Дьякон, посланный епископом Ренна, совершал последнее таинство для тех, кто не мог говорить по-французски, а местному священнику, вызвавшемуся помогать добровольно, Лаэннек дал собственный перевод на бретонский увещевания, с помощью которого тот мог бы утешать тех, чей мучительный переход в вечность он пытался облегчить.
Когда в июне 1814 года последний солдат наконец покинул Салпетриер, Лаэннек вновь посвятил все время своей практике. Повышенная утомляемость и проблемы с дыханием ослабляли его физически, но в течение следующих двух лет он сделал большие успехи в клинических исследованиях, как будто слабое здоровье никак не влияло на его работоспособность. Академическая карьера, которая казалась такой предопределенной, теперь была за пределами досягаемости. В 1816 году в возрасте тридцати пяти лет спустя десять лет после окончания университета он начал строить планы по возвращению домой в Бретань. И тогда, по иронии капризной судьбы, направление его жизни внезапно изменилось, а вместе с ним и ход истории медицины. Его пригласили работать терапевтом в больницу Неккер. Ирония назначения заключалась в том, что самый блестящий исследователь в области медицины получил долгожданную работу не благодаря своим непревзойденным способностям в надежде на будущие достижения, а исключительно при помощи личных связей. Случилось так, что друг Лаэннека, некий Бикке, стал заместителем государственного секретаря министра внутренних дел; а его полномочия позволяли ему определить, кто из двадцати кандидатов займет новую должность в больнице Неккер. Он предложил своему другу Лаэннеку подать заявку.
Сначала он сопротивлялся. Расположенная на краю Парижа вдали от университетского квартала, имевшая всего сто коек и не отмеченная никакими заслугами, Неккер не считалась сколько-нибудь масштабным или просто хорошим учреждением. Но либо от отчаяния, либо из-за нежелания обидеть Бикке или, как предположил один историк, потому что вокруг больницы был чудесный сад, где он мог бы заниматься спортом, Лаэннек наконец решил воспользоваться этим предложением. Его официальное назначение состоялось 4 сентября 1816 года.
Главного исторического события оставалось ждать недолго. В пределах совсем небольшого периода после вступления в должность во время обычного ежедневного обхода Лаэннека произошло самое важное событие в области медицины начала девятнадцатого века. Г. Б. Гранвиль, один из английских студентов, ставший свидетелем знаменательного момента, называет дату 13 сентября. Лучше всего этот эпизод описан самим Лаэннеком в книге, изданной им три года спустя: