В то время когда весь мир превозносил Мортона и аплодировал его изобретению, ушлый Джексон не сидел сложа руки, довольствуясь лишь десятью процентами грядущей прибыли и совсем скромной известностью. Он сыграл роль, исполненную тринадцать лет назад Уильямом Бомонтом в истории с петицией Конгрессу по поводу Святого Мартина: он планировал представить Мортона, как простого исполнителя, отвечавшего за технические аспекты его великого изобретения. Так 13 ноября и еще раз 1 декабря 1846 года он написал высокопоставленному другу, живущему в Париже, что именно он является первооткрывателем общего наркоза, эффективность которого была исчерпывающе продемонстрирована в центральной массачусетской больнице после его обращения к «дантисту, работавшему в этом городе», который, таким образом, лишь выполнял его, Джексона, инструкции. Эти письма были зачитаны во Французской академии наук 18 января 1847 года, и этот факт вскоре стал известен Мортону. Встревоженный дантист, узнав о коварстве своего оппонента, тут же приступил к сбору показаний свидетелей.
Между тем Гораций Уэллс также решил искать сторонников в Париже и отправился туда, чтобы обратиться с ходатайством в Академию медицины и Академию наук. Неясно, насколько обстоятельно академии расследовали его претензии, но обе поместили выдержки из его петиций в своих исках. Злополучному Уэллсу так и не удалось добыть однозначные доказательства в виде свидетельских показаний, в результате чего в марте 1847 года он вернулся домой с весьма безрадостными перспективами в отношении признания своих заслуг. Как только его корабль прибыл в Бостон, он начал собирать необходимые ему подтверждения и через несколько дней вернулся в Хартфорд в надежде увеличить количество полученных заявлений.
Узнав о поездке Уэллса в Париж и, очевидно, об успешном приеме Джексона в Академии наук, Мортон почувствовал, что возникла серьезная угроза потери его кажущегося преимущества. Он не мог предвидеть, что опытный, как он предполагал, Джексон не будет отстаивать свою позицию, а себе в ущерб поддержит своего соперника.
Произошло это следующим образом. И Эдвард Эверетт, президент Гарвардского колледжа, и Джон Коллинз Уоррен хотели создать убедительное научное обоснование нового открытия и обеспечить его историческое развитие на фундаментальной основе. Они предложили своему коллеге с химической кафедры академии подготовить презентацию для Американской академии наук, в которой Эверетт тогда был вице-президентом. Джексон увидел в этой ситуации возможность узаконить свои претензии, поскольку уже тогда это учреждение считалось выдающимся научным учреждением Америки. Он написал свою презентацию таким образом, что в ней он не только объявлялся изобретателем анестезии, но подразумевалось, что это заявление делается при поддержке Эверетта и Уоррена с официального разрешения академии. Он отправил копии на континент в Париж, а также в широко известный Boston Daily Advertiser («Бостонский рекламный ежедневник»), который опубликовал текст его письма 1 марта. Хотя все происходящее заставило его сосредоточить свое внимание на развитии событий за рубежом, ситуация взорвалась именно у него дома. Оскорбившись тем, как используют их влияние, члены Академии наук приняли решение отмежеваться от этого дела и не оглашали его заявление на своих совещаниях. Неожиданно для себя Джексон вызвал недоверие у представителей того самого американского научного сообщества, на поддержку которого он больше всего рассчитывал. В частности, Эверетт был тем конгрессменом, который тринадцать лет назад позволил убедить себя представить военному секретарю петицию Джексона о Св. Мартине, что усиливало его настороженность.
Теперь пришла пора серьезных военных действий. Весь остаток жизни Мортона и большая часть дней Джексона были посвящены бесконечному ряду претензий и разбирательств в Конгрессе, которые, доведя их до высшего пика страданий, наконец, закончились смертью обоих при трагических обстоятельствах. Но в этот момент в эпицентре пустыни споров, где испарились последние капли здравомыслия, возник каким-то образом оазис благоразумия. Мортон, находившийся, возможно, в более безопасном положении благодаря просчетам своего соперника, написал краткую и внятную инструкцию по применению эфира, опубликованную в сентябре 1847 года. В дополнение к этому он подготовил мемуары и 2 ноября представил книгу Французской академии наук. Таким образом, в тот момент симпатии его соотечественников были в значительной степени на его стороне.