Время генома

И опять я поступил так, как должен поступать любой уважающий себя генетик. Я повторно сдал кровь, и мою ДНК повторно секвенировали, чтобы подтвердить синдром Коффина – Сириса. Этот анализ показал, что мутация в ARID1А, изначально найденная при полногеномном секвенировании, была просто ошибкой, ложноположительным результатом, который тем не менее смутил и встревожил меня, а также повлек дополнительные ненужные тесты и денежные траты. Теперь я с большим пониманием отнесся к покровительственной заботе Департамента здравоохранения штата Нью-Йорк и признал, что, возможно, поспешил со своей критикой.

Мой опыт послужит важным уроком для тех, кто озабочен своим хорошим здоровьем и хочет получить результаты одновременно 3 млрд анализов после секвенирования одного генома.

В США, прежде чем врач назначит какое-либо лекарство, оно должно быть испытано, проверено и должно получить одобрение Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов. В целом такое разрешение гарантирует высокий уровень контроля качества во всем процессе разработки и реализации препарата. В настоящее время есть несколько генетических тестов, одобренных этим управлением, и в них соблюдается два важных условия. Во-первых, они точно, по четким критериям измеряют то, что должны измерять. Во-вторых, есть убедительные свидетельства их клинической ценности. Клиническая ценность означает, что эти тесты дают информацию, полезную для непосредственного ухода за пациентом. Например, с помощью тестирования можно получить достоверные данные, необходимые для того, чтобы решить, давать ли женщине определенный тип химиотерапии для лечения ее рака груди или нет.

В то же время для большинства генетических тестов, в том числе и для полногеномного секвенирования, одобрение получено на уровне отдельных штатов, и в этом случае требования к тестам могут сильно различаться. В целом во многих штатах единственное условие, которое должно выполняться, – это чтобы тест точно измерял то, что должен измерять, независимо от его клинической ценности.

Более того, требования к контролю качества зачастую менее строги. Вероятно, этим частично объясняется, почему в штате Нью-Йорк заблаговременно были запрещены генетические тесты, доступные потребителю непосредственно (не требующие участия профессиональных генетиков и генетических консультантов, с возможностью заказа через интернет), которые, например, проводит компания 23andMe. Клиенты отправляют образцы слюны, их них извлекается ДНК; данные генетического тестирования по более чем 90 позициям, от облысения до риска рака молочной железы, публикуются в защищенном паролем файле на веб-сайте компании. В 2008 г. журнал Time назвал 23andMe изобретением года. В 2013 г. Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов отправило 23andMe и аналогичным компаниям, напрямую работающим с пациентами, письмо-предписание о прекращении их деятельности в США. Однако в 2015 г. компания 23andMe получила разрешение на проведение анализа, результаты которого получает непосредственно потребитель, но только для синдрома Блума – редкого рецессивного заболевания, увеличивающего риск развития рака[13].

Информация о контроле качества часто закрыта и для генетиков, которые заказывают тесты, и для их пациентов. Например, насколько велика глубина покрытия при секвенировании – ведь если она небольшая, то проще обнаружить несуществующую мутацию? Какой именно алгоритм используется для классификации аллелей генов на полезные и вредные? Иногда проблемы возникают оттого, что ДНК другого пациента, с которой работали на том же оборудовании, вызывает загрязнение образца. Я наблюдал подобную ситуацию, возникшую из-за того, что по меньшей мере одной компании по генетическому тестированию следовало бы работать лучше.

Для генома есть возможность сделать высококлассные анализы, но есть и дисконтный вариант. Я купил невозвратный билет экономкласса и получил то, за что заплатил. Когда я внимательно изучил полученный результат, то заметил, что для некоторых из моих 22 000 с лишним генов нет достаточной глубины покрытия, чтобы можно было обнаружить мутации. Когда ген прочитывают недостаточное число раз для адекватного покрытия, программное обеспечение находит мутацию там, где ее нет. Если контроль качества не очень хорош, может просочиться ошибочная информация такого рода.