Из Лопатицей его скоро прогнали. Он переселился в Юрьевец (в нынешней Ивановской области). Там стал строить те же порядки. И оттуда тоже его погнали, прибежал в Москву. Здесь он довольно скоро оказался близок «кружку ревнителей благочестия». При Патриархе Иосифе он был деятелен и принимал участие в «книжной справе», то есть поначалу сам исправлял ошибки в богослужебных книгах, делал работу, против которой вскоре восстанет.
Когда в 1652 году Патриарх Иосиф скончался, новый Патриарх Никон, еще недавно бывший приятелем и единомышленником Аввакума, заменил прежних московских справщиков польскими книжниками во главе с Арсением Греком – ученым монахом из Салоник, который во всем был противоположностью горячего в своей ревности Аввакума. Арсений до прибытия в Москву, похоже, уже несколько раз менял веру – принимал то католичество, то, полагают даже, ислам – исходя из разных выгод. Такая гибкость убеждений и веры, конечно, резко контрастировала с пламенеющей преданностью вере у Аввакума.
В 1654 году протопоп Неронов, друг Аввакума, писал об Арсении царю Алексею Михайловичу:
«…
То есть ни Аввакум, ни его сподвижники поначалу не были против «книжной справы», но если они эту работу делали по древнерусским православным рукописям, то Никон опирался на греческие богослужебные книги. Древние харатейные (то есть на пергаменте написанные книги) новые справщики отвергли и довольствовались итальянским перепечатками. Аввакум же был уверен, что эти источники не авторитетны. В челобитной царю он критиковал Никона. Так начинался конфликт этих двух пассионариев века.
Его результатом стало требование Никона расстричь Аввакума, но в связи с заступничеством царя священник был только сослан в Тобольск. Дальше изгнание продолжилось: за Лену, в Даурию (нынешнее Забайкалье). Там он опять не поладил с местным воеводой Пашковым, тот его бил, а потом посадил в Братский острог. От голода умерли два его сына. Дальше Аввакума гнали до Нерчинска, Шилки и Амура. Когда через несколько лет священник вернулся в Москву, здесь все, включая царя, к нему питали уважение как к мученику.
Но тут он скоро опять стал все критиковать. Требовал восстановить прежние обряды. Царь почувствовал в этих обличениях энергию раскола – и опять сослал священника в Мезень, невдалеке от Архангельска, на Северном Ледовитом океане. Здесь он продолжал свою проповедь, рассылал послания, в которых называл себя «рабом и посланником Иисуса Христа».
Через два года Аввакума снова вернули в Москву. Это как раз был 1666 год, год собора и суда над Патриархом Никоном. Тут была некрасивая ссора, видимо, вызванная ничуть не изменившимся характером священника. Аввакума в итоге расстригли прямо в Успенском соборе за обедней! Как описано в источниках, архиереи «
Этим не закончилось: последней дальней ссылкой и предсмертным пристанищем стал для Аввакума Пустозерск – в районе нынешнего Нарьян-Мара на северной реке Печоре. С 1667 года в земляной тюрьме эта несгибаемая личность провела 14 лет! Язык его не был вырезан, как у других ссыльных, – так что, несмотря на скудное питание хлебом и водой, Аввакум проповедовал прямо в тюрьме и писал оттуда грамоты, письма, воззвания и послания. Так, он писал к царю Федору Алексеевичу и критиковал отца его, Алексея Михайловича, также ругал и нового Патриарха Иоакима… В 1682 году 61-летний Аввакум с приверженцами был сожжен по приказу государя в деревянном срубе в Пустозерске.
Аввакуму приписывают 43 сочинения. Во многих из них пламенеет его надрывный стиль речи: например, католиков он называл «
«
Так он призывал женщину, которая, по его мнению, недостаточно смиряет свою плоть, а надлежало ей по примеру преподобной Мастридии выколоть себе глаза, чтобы избавиться от любовных соблазнов.