Задача сменить Аллена Даллеса оказалась затруднительной еще и потому, что Маккоун — республиканец и близкий друг Эйзенхауэра. Хотя в действительности новый директор ЦРУ без особых хлопот сошелся с новым президентом-демократом. Для Управления в этом кроется определенная выгода, ведь доверительные отношения между Лэнгли и Белым домом необходимы для успешного функционирования разведывательного сообщества. Подобраться поближе и заполучить доступ к «ушам» президента, — так воспринимает свою главную обязанность шеф ЦРУ.
Вторая обязанность — разжиться средствами, дабы сделать Управление менее зависимым. Маккоун является убежденным сторонником ведения разведки при помощи технических новшеств, он считает их более действенными, чем «Гуминт» (классическая форма разведки при помощи наблюдателей и шпионов). Он с успехом будет внедрять в разведке достижения науки и техники.
Смена персонала, смена методов, совершенствование структуры. 1 октября 1961 года на свет появляется Агентство оборонных секретов Дифес Интеллидженс Эйдженси (ДИА). Его директором станет генерал-лейтенант Джозеф Ф. Кэрролл, бывший заместителем Эдгара Гувера в ФБР, а затем руководивший контрразведкой в военно-воздушном флоте. Ему будут помогать два ветерана ЦРУ: заместитель Уилльям У.Квинн и начальник штаба Самуэл Б. Фрэнкел.
Совсем новое военное агентство быстро разрастается (2500 сотрудников в 1964 году). Так же быстро, как свои размеры, оно распространяет свой контроль на разведслужбы всех трех родов войск, которые отныне обязаны собирать разведданные, а не анализировать их.
После неудачи на Плая-Хирон операции против режима Кастро не прекращаются. Теперь их контролирует от клана Кеннеди брат президента, Роберт, министр Юстиции. Как и его старший брат Джон, он буквально поглощен идеей покончить с кубинским лидером.
Роберт Кеннеди контролирует ход операции «Мангуст», с помощью которой рассчитывает парализовать кубинскую экономику беспрерывными диверсиями: вызвать сбои в производстве сахара, используя вредные в химических процессах вещества, американцы надеются возложить вину за это на советских представителей, заполонивших остров. План операции «Мангуст» разрабатывался до ноября 1961 года Эдвардом Ландсдейлом, большим специалистом в операциях против повстанцев («Эд Ландсдейл, Филиппины и президент Магсайай»). Эта «черная» операция, ради которой было мобилизовано 400 служащих ЦРУ и которая была разбита на шесть фаз, была должна закончиться в ноябре свержением Кастро.
Но поскольку операция «Мангуст» дала сбой, Ландсдейла заменили Десмондом Фитцджеральдом, который вскоре станет патроном отдела Латинской Америки. Он копирует методы работы, привносимые его предшественником, и прибавляет к ним идею физического устранения «верховного руководителя». Таким образом вновь обретает популярность сага противников Кастро, в которой фигурируют имена Джона Росселли и Сэма Джанкарна. Затем, в октябре 1963 года (незадолго до убийства президента Кеннеди), Фитцджеральд встретит в Париже кубинского офицера, согласившегося отравить Кастро. Это Роландо Кубела (псевдоним Ам/Лаш) Офицер ЦРУ отрекомендовался ему как «личный представитель» Роберта Кеннеди.
Деятельность русских советников на Кубе все больше и больше беспокоит Джона Алекса Маккоуна, преемника Даллеса. Агенты ЦРУ на местах и вовсе потеряли голову. Один из них сообщает в Лэнгли о грузовых прицепах настолько длинных и широких, что они могут задевать на своем пути фонари и почтовые ящики. Другой утверждает, что видел автомобили, перевозящие груз, весьма напоминавший «очень длинные трубы».
Речь, естественно, идет о ракетах средней дальности, которые Хрущев согласился установить на этом острове под контролем советских специалистов. Но аналитики из ЦРУ, убежденные, что такого быть не может, совершают ошибку, не доверяя сведениям собственных агентов. Через тридцать лет Роджер Хилсман, бывший в ту эпоху руководителем ИНР, бюро разведки госдепартамента, назовет это грубой «ошибкой в оценке». Более эффективной окажется воздушная разведка с помощью самолетов-шпионов У-2. Один из этих аппаратов, пилотируемый Фрэнсисом Гари Пауэрсом, уже был сбит советской ракетой над Уралом, что спровоцировало серьезный международный кризис между СССР и США (отмена предстоящей конференции в верхах между Эйзенхауэром и Хрущевым).
Маккоун не остановил выполнение программы воздушной разведки, в которой ему оказывает поддержку Артур К. Ландал. Пионер аэрофоторазведки Ландал руководит с декабря 1961 года национальным центром использования У-2 в целях фоторазведки — этот центр контролируется Национальным советом безопасности и обязан обеспечивать различные агентства собранной информацией.