На оккупированных территориях немецкие власти поощряли различные формы религии: как православие, так и суеверия. Православным епископам запретили иметь какие-либо связи с московским митрополитом. В Белоруссии они назначили экзархом епископа
Военная опасность заставила советскую власть изменить отношение к церкви. Вновь начали открываться храмы, прекратилась деятельность Союза воинствующих безбожников, представитель церкви митрополит Николай вошел в состав Комиссии по расследованию злодеяний фашистов. 4 сентября 1943 г. состоялась встреча митрополита Сергия с главой Р И. В. Сталиным, на которой было разрешено созвать Архиерейский собор и вернуть из ссылки оставшихся в живых архиереев.
Архиерейский собор, состоявшийся 8 сентября 1943 г., утвердил митрополита Сергия на посту патриарха. В стране начали открываться храмы (к 1949 г. их стало 14,5 тыс.), монастыри (их число возросло до 69), духовные учебные заведения (8 семинарий и 2 академии). Начал выходить «Журнал Московской патриархии», были осуществлены издания Библии, молитвословов и другой, необходимой для богослужения литературы.
Прошло много архиерейских рукоположений, пустующие кафедры были замещены. При Совнаркоме Р был создан
15 мая 1944 г. патриарх Сергий скончался. Согласно его завещанию, местоблюстителем престола стал митрополит Ленинградский
Благодаря посредничеству Русской православной церкви удалось урегулировать конфликт между Болгарской и Константинопольской церковью. В Чехословакии под руководством епископа
Эстонская церковь, возникшая в условиях оккупации, вошла в состав Русской православной церкви на правах епархии. В 1945 г. патриарх Алексий впервые посетил Палестину. Русская православная церковь начала играть важную роль в миротворческом движении.
Однако в 1958 г. по инициативе нового советского руководителя Н.С.Хрущева началась новая кампания по борьбе с религиозными пережитками. Вновь начала выходить атеистическая литература, стали закрываться храмы (к 1965 г. из 14,5 тыс. храмов осталось 6,8 тыс.), монастыри (из 69 монастырей осталось 16), духовные учебные заведения (остались одна духовная академия из трех и три семинарии из восьми).