Ликвидировались и церковные общины. Комитет по связям с православной церковью при Совете Министров Р был преобразован в Комитет по делам религий.
Русская православная церковь потеряла привилегированное положение в отношениях с государством. Председателем нового комитета стал В. А. Куроедов. Он проводил запретительную политику в отношении церкви. Несмотря на отсутствие в законодательстве дискриминации в отношении верующих, на практике дискриминация проводилась. Верующим, и даже просто посещающим храм людям грозили неприятности на работе или по месту учебы (вплоть до увольнения или отчисления из учебного заведения), выселение, активные верующие нередко оказывались пациентами психиатрических клиник.Покровский собор в Суздале
После смещения Н.С.Хрущева в 1964 г., когда к власти пришел Л. И. Брежнев, секретарем ЦК КПСС, ответственным за идеологию, стал М. А. Суслов. Он считал, что с религией нужно бороться, но так, чтобы не дать западным странам, с которыми Р находился в состоянии холодной войны, повода для упреков. В этот период перестали закрываться храмы, но власти препятствовали их ремонту, восстановлению и любым другим действиям церковных общин. При этом внешне религиозная жизнь в Р выглядела вполне благопристойно. Русская православная церковь участвовала в миротворческом движении. С 1961 г. ее делегация во главе с епископом Никодимом участвовала в работе Всемирного совета церквей.
Против показного благополучия, скрывающего бедственное положение церкви в Р, протестовали церковные диссиденты.
Наиболее активными среди них были священники Глеб Якунин и Николай Эшлиман. В 1965 г. они направили патриарху Алексию и председателю Президиума Верховного Совета Р Н. В. Подгорному послание с протестом против закрытия храмов и нарушения прав верующих и выражали осуждение позиции патриарха, который якобы попустительствует этому.В 1966 г. они опубликовали текст послания за рубежом. С тех пор проблема нарушения прав верующих в Р стала одной из любимых тем антисоветской пропаганды. По поручению патриарха митрополит Крутицкий Пимен
сделал священникам-диссидентам внушение о недопустимости внесения раскола в церковную среду и провокационных высказываний о положении церкви, однако они не пожелали раскаяться. Тогда патриарх Алексий запретил Глебу Якунину проводить службы, а Николай Эшлиман, вступив во второй брак, сам просил снять с него сан.