Священники, вступившие в брак при господстве гражданского кодекса и в продолжение революционной эпохи, были прощены папой, который вообще проявлял большую уступчивость и снисходительность, желая тем вернуть утраченную им политическую почву. Все наличные епископы должны были добровольно сложить с себя свое звание в руки папы; церковный иерархический порядок изменялся: десять французских архиепископов и пятьдесят епископов должны были отныне назначаться первым консулом, которому они и приносили присягу, после чего утверждались папой. Они уже сами назначали младших духовных чинов, но испрашивая для них утверждения правительства. Этот конкордат вызвал немаловажный протест со стороны вольномыслящей части общества. Очень многие порвали искренно с тем, что они называли старым суеверием; сверх того, было слишком поразительно, что тот самый человек, который года два назад, в Египте, корчил из себя мусульманина, теперь разыгрывал роль верующего католика. Но доводы разума и критическое отношение к предмету не могут быть никогда усвоены массами.
Попытки ввести национальную религию на основе деизма Руссо и Вольтера рухнули, как известно, но Бонапарт понимал своим ясным рассудком, что народное чувство безусловно нуждалось в каком-либо удовлетворении; вследствие этого, не отнимая прежних церковных земель от настоящих собственников, правительство приняло на себя содержание духовенства и определило праздновать официально опять воскресенье вместо десятого дня декады. После утверждения папой Пием VII (с марта 1800 г.) договора 10 сентября 1801 года и объявления полной амнистии, день Пасхи был отпразднован с прежней торжественностью (1802 г.) в соборе Парижской Богоматери, и, начиная с декабря, официальная газета «Moniteur» начала помечать свои номера обычным христианским исчислением наряду с республиканским. И не на одной этой почве частью вовсе устранялись, частью видоизменялись все учреждения якобинской эпохи. Законом того же года были преобразованы перворазрядные и второразрядные училища (народные и средние школы), и классицизм лег в основу научного образования. К этому же времени относятся подготовительные работы по составлению свода законов, того «Code Napoleon», который остался величайшим и, во всяком случае, прочнейшим созданием этого правительства; сам Наполеон принимал непосредственное личное участие в составлении этого уложения, хотя его слава при этом и преувеличивается поклонниками.
Масса населения, требующая от своих правителей, прежде всего, покоя и порядка, не была встревожена возрастающим монархическим направлением. Одно выражение в договоре с Россией как бы испытывало общественное мнение, заставляя его высказать, что оно было готово вынести еще после восьмилетних республиканских грез: в этом документе, прочитанном в ноябре 1801 года перед законодательным собранием, оба правительства давали взаимное обещание не дозволять никому из своих подданных (sujets) завязывать отношения с врагами договаривающейся стороны. Неудовольствие, возбужденное превращением citoyens – в sujets, проявилось сначала даже довольно бурно, но дальнейшие пояснения и оговорки сгладили или совсем рассеяли первое впечатление. Такие истолкования, как: «Разве нельзя быть подданным республики?» – не заставили себя ждать в той сфере, в которой уже издавна черное делалось белым, и скоро настало время, в которое бывшим «citoyens» пришлось проглатывать не одни только слова. Явное расположение первого консула к прежним монархическим формам вызывало толки и пересуды; неприязнь к нему как со стороны якобинцев, так и роялистов росла, но новый порядок был прочен, неоспоримое превосходство личности повелителя выражалось столь явственно, что побежденным партиям оставалось одно: попытаться прибегнуть к убийству.
Такие покушения не заставили себя ждать: 24 декабря 1800 года Бонапарт избегнул воздействия адской машины, подложенной на его пути по улице St.-Nicaise, лишь благодаря пьяному состоянию своего кучера, а другие говорят – благодаря своей находчивости. Виновными были, несомненно, роялисты, агенты шуанского вождя Жоржа Кадудаля, хотя личное его участие в этом деле сомнительно. Но первый консул воспользовался этим случаем для принятия мер против террористов, часть которых была осуждена на ссылку. Вообще, он ожидал от роялистской партии большей уступчивости и, в чем он не ошибался, известного отвращения к преступным средствам; поэтому он продолжал осыпать милостями тех из числа множества возвращавшихся эмигрантов, которые не пренебрегали его лаской, и в его свите видно было уже немало представителей старинной французской знати. В апреле все законы против эмигрантов были уничтожены.