Представляя ветви законной власти и управления, защищая свои должностные и имущие права, уездные казачьи войска Сибири нередко легитимно вступали в конфликт с воеводами. Столица шла на это, чтобы в отдаленной окраине контролировать, как бы снизу, деятельность воевод. Поэтому русские, в первую очередь казаки, в Сибири с ХVII в. традиционно считали себя «государевыми людьми», обязанными блюсти «государеву пользу», препятствовать ошибочным действиям местных властей, защищать свои права от крепостнических замашек присылаемых дворян.
В историю народных движений XVII в. в Сибири город вошел как оплот массовых выступлений казачества. «Государевы слуги» – красноярские казаки надолго получили прозвище «бунтовщиков». В 1631 г. казаки из-за несвоевременной доставки хлеба убили атамана Якова Кольцова и даже намеревались расправиться с енисейским воеводой. В середине 1660-х гг. 30–40 бессемейных казаков самовольно ушли в Забайкалье, а некоторые из них дошли до Амура и обосновались в вольном Албазинском остроге.
Самым длительным в истории Сибири вооруженным выступлением была так называемая Красноярская шатость 1695–1700 гг. Казаки, поддержанные частью посадских и некоторыми ясачными из подгородных улусов, отказали от воеводства «лихоимцу» Алексею Башковскому и послали выборных в Москву просить хорошего воеводу. Но им, как бы в издевку, назначили родного брата Алексея – Мирона. Выражая общее мнение, казак Игнатий Ендауров на увещевания Башковского не уподобляться примеру разинских бунтовшиков заявил: «Степан де Тимофеевич пришел на князей и на бояр, и на таких же воров, как и ты, Мирон». Красноярцы несколько раз изгоняли присылаемых из Москвы воевод. Одного из них, Семена Дурново, они чуть не убили. Восставшие «драли» его «за волосы, и под бока, и по щекам били», затем посадили в наполненную до половины камнями лодку и оттолкнули от берега.
Длительное время город и уезд были во власти восставших. Выбираемые на общих сходах доверенные «судейки» судили, собирали налоги, оброчный хлеб, ясак и таможенные пошлины. В столицу отправлялись собранные казенные суммы и пушнина. Среди руководителей движения заметную роль играли дети боярские Еремеевы, атаманы Аника Тюменцев и Михаил Злобин, пятидесятники Петр Муруев и Ларион Ростовцев, десятник Тимофей Потылицын. Из рядовых казаков выделялись Федор Чанчиков, предки нашего гениального земляка-художника Петр и Илья Суриковы-Нашивошниковы, Артемий Смолянинов и Данила Старцев.
Во время восстания красноярские казаки «пересылались» с жителями других острогов Сибири, где в те же годы происходили народные волнения. Только при многоопытном и умном воеводе П. И. Мусине-Пушкине, который фактически оправдал красноярцев, обвинив своих предшественников «во многих неправдах», восстание прекратилось. Лишь четверых зачинщиков разослали по сибирским городам, но в 1704 г. их вернули по просьбам всего войска. Виновных же воевод, братьев Башковских, сослали, конфисковав имущество. По обоснованному мнению историка Н. Д. Зольниковой, молодой Петр I старался избавиться от погрязшей в лихоимстве и произволе старой сословной администрации.
Во втором десятилетии XVIII в. положение казачества ухудшилось. После губернской реформы 1708–1710 гг. с ликвидацией Сибирского приказа административно-территориальный контроль приблизился к населению Сибири из Москвы в Тобольск. Значительно усложнилась в XVIII в. структура управленческого аппарата, которая состояла из казенных учреждений и подчиненных им выборных органов казачьего, городского и сельского самоуправления. У казаков больше стало, кроме военных, административно-расправных, хозяйственно-распорядительных, фискальных служб. Введенные коменданты вмешивались в казачье самоуправление, пытались иррегулярных казаков военизировать: требовали большей дисциплины, за свой счет унифицировать вооружение, форму. Рекрутские наборы затрагивали не в штате «казачьих детей». Слухи о объявленной в 1717 г. подушной реформе могли серьезно изменить прежнюю сословную организацию, сократить штаты и превратить в налогоплательщиков многих казаков. В Сибири из-за казаков процент неподатного населения оказался необычно большим – до 30 процентов, а в Красноярске – более 70 процентов, в то время как во всей России прямые налоги не платили лишь около 2 процентов населения. По мнению центральной власти, это было недопустимо в условиях огромных расходов на длительную Северную войну 1700–1721 гг. и на другие реформы. Правда, Петр I, несмотря на нелюбовь к казачеству, все же понимал, что в условиях России только казаки с малыми затратами на них могли обеспечить минимум безопасности страны в приграничных территориях и решать публичные и эксплуататорские задачи на ее окраинах.
Русская латунная пушка на деревянном лафете, XVII в.