В программе моей экспедиции стояло также изучение группы Богдо-ула в Восточном Тянь-шане, которую не посещал еще ни один геолог. Но выполнить эту задачу я был не в состоянии. Шла вторая половина сентября, и в Богдо-ула выпал уже глубокий снег, так что идти в глубь гор было слишком поздно (…).
Приходилось думать только о том, как доехать скорее до Кульджи (…).
Два года продолжалась экспедиция. 27 сентября (9 октября) 1892 года Обручев вышел из Кяхты, а 10 (22) октября 1894 года прибыл в пограничный китайский город Кульджу. За это время, как подсчитал сам Владимир Афанасьевич, было пройдено в общей сложности 13 тысяч 625 километров. На протяжении 12 тысяч 705 километров проводилась планомерная геологическая съемка, собранная коллекция включала в себя 7000 образцов, в том числе 1200 отпечатков ископаемых животных и растений.
Единственный спутник его — Цоктоев — не оправдал, к сожалению, надежд. Его пришлось рассчитать и отправить в Кяхту. Фактически все эти два года Владимир Афанасьевич был совершенно одинок в чужой стране. И все экспедиционные заботы почти полностью лежали на нем.
«Я настолько устал от двухлетней, почти беспрерывной работы, что уже на пути от Сучжоу приходилось заставлять себя вести правильно наблюдения… Многие предметы снаряжения пришли в негодность, как, например, обувь, которую уже в Люкчуне кое-как починили туземные сапожники, или были израсходованы, как, например, записные книжки, тетради и бумага, так что еще недели две работы — и мне буквально не на чем было бы записывать наблюдения и вести дневники…»
И еще: «Пожалуй, больше всего я страдал от своего одиночества: ведь кругом меня не было ни одного русского человека. Долгие месяцы я был оторван от родины, не мог получать даже известий от своей семьи. Иногда бывало очень тяжело и тревожно. Только горячий интерес к работе, страсть исследователя помогали мне преодолевать все лишения и трудности».