Его руины находятся в северной части штата Чьяпас (Мексика), близ штата Табаско. Плоские и болотистые земли последнего постепенно повышаются к югу, до тех пор, пока не переходят в первые отроги Чьяпасских гор, образующих здесь естественное плато около 70 м высотой. К северу с плато открывается широкий вид на бесконечные равнины, реки, озера и болота, вплоть до побережья Мексиканского залива. Южнее за ним стеной возвышаются высокие, поросшие тропическим лесом горные хребты. На этом плато и был построен древний город. Паленке — один из наиболее изученных памятников майя. Раскопки ведутся здесь с XVIII в.
Однако как и в большинстве других майяских поселений, работы затронули только самый центр города, на площади примерно 19,4 га. Общие же размеры теменоса составляют здесь свыше 30 га. К западу на 6 км и к востоку на 2 км от ритуально-административного ядра расположены другие, меньшие по размерам постройки, главным образом остатки жилищ. По мнению некоторых исследователей, Паленке занимал территорию не менее 16 кв. км, что ставит его по величине в один ряд с Тикалем. Таким образом, перед нами несомненно крупный городской центр с многотысячным населением. Легко понять, почему именно здесь выбрали майя место для строительства города. Стратегически выгодное положение, у края обрывистого плато, позволяло Паленке господствовать над лежащей внизу плодородной лесной равниной, которая тянется почти на 80 км к северу, до Мексиканского залива. Территорию города пересекает несколько ручьев и небольших речушек, что наряду с сильно изрезанным местным рельефом создавало немало трудностей для древних строителей. Они вынуждены были осуществить значительные земляные работы по выравниванию поверхности, с тем чтобы внести какое-то подобие порядка и организации в общий план города. Большим их достижением можно считать заключение ручья Отолум в длинную каменную трубу, что избавило обитателей центральной части Паленке от многих неудобств, таких, как паводки, грязь и т. п.
В Паленке древнейшие археологические материалы — в виде отдельных обломков керамики, не связанной с архитектурными сооружениями, — относятся к позднеархаическому времени, то есть к концу I тысячелетия до н. э. Однако вполне осязаемые признаки крупного и динамичного городского центра относятся здесь только к позднеклассическому этапу. Первая датированная надпись из зоны города соответствует 638 г. К VII—VIII вв. относятся и все наиболее яркие образцы местной архитектуры. Последняя календарная дата, обнаруженная здесь, — 785 г.
Паленке представляет собой четко выраженный региональный культурный центр, со специфическим архитектурным и скульптурным стилем. Ядро города состоит из нескольких хорошо выделяемых групп построек, связанных так или иначе с основным элементом всего местного архитектурного ансамбля — обширным комплексом дворца, который занимает доминирующее положение на Главной площади. Близ западного угла дворца находится Храм Надписей на продолговатой ступенчатой пирамиде, в значительной мере высеченной в скалистом грунте естественного холма. К северу и северо-западу от дворца на прямоугольных террасах расположено несколько других групп каменных построек, практически еще не исследованных (Храм Графа, Северные Холмы и т. д.). Этот участок города заканчивается крутым обрывом. К юго-востоку от Главной площади, на специальной высокой террасе, расположена в виде треугольника группа из трех изящных храмов, по праву считающихся жемчужиной местной архитектуры. Храм Солнца, Храм Креста и Храм Лиственного Креста. На различном удалении от этих зданий видны платформы и террасы с бесчисленными руинами храмов, святилищ, резиденций жрецов и знати.
Безусловно, наиболее значительным сооружением Паленке является дворец. Он возник в результате многих изменений и перестроек и в настоящем своем виде представляет собой трапециевидную в плане гигантскую платформу примерно 100 м длиной и 75 м шириной. Высота ее — от 6 до 9 м. На платформе последовательно возводились дворцовые помещения, разбитые вокруг внутренних прямоугольных двориков. Перекрытия дворца сделаны с использованием ступенчатого свода; стены снаружи и изнутри, а также квадратные колонны обильно украшены фигурной лепкой и резьбою по слою стука и, видимо, были когда-то раскрашены в разные цвета — в ряде случаев сохранились следы краски. Наиболее уникальным элементом дворцового комплекса является четырехэтажная, квадратная в плане башня в юго-восточном дворике. Аналогий ей нет ни в одном другом городе майя. Это сооружение было, видимо, прежде всего оборонительным, господствуя над всем городом, хотя не исключено его использование и для астрономических наблюдений. В одном из внутренних двориков дворца были установлены ряды каменных плит с изображениями пленников или побежденных.