Сложным был процесс интеграции в советскую систему в годы Великой Отечественной войны Русской православной церкви, подвергшейся разгрому и гонениям в предвоенные годы. До начала Великой Отечественной войны всего в СССР функционировало 4275 приходов, из них лишь около 500 в границах 1939 года, остальные находились в Западной Украине и Западной Белоруссии, присоединенных к Советскому Союзу в соответствии с пактом Молотова – Риббентропа.
С началом агрессии нацистской Германии против СССР на оккупированной советской территории часть священнослужителей пошла на сотрудничество с командованием вермахта. Были воссозданы церковные округа и приходы. Главой Православной церкви стал экзарх Эстонии – митрополит Сергей (Воскресенский), проживавший в Риге. Он создал в августе 1941 года своим указом так называемую Русскую Православную миссию в освобожденных областях России (РПМ) с управлением в Пскове. Во многих областях открылись храмы, например, только в Ленинградской области вновь стали проводиться службы в 168 церквях, 2 католических костелах (до 1941 года там действовало всего 5 церквей).
В захваченных германскими войсками республиках и областях СССР обязательный характер носили обряды крещения, регистрации браков в церкви. Их несоблюдение рассматривалось немецкими властями как посягательство на порядок. Среди верующих граждан на оккупированной территории были организованы сборы пожертвований на восстановление храмов.
По указанию германской администрации, вся церковная политика была направлена на решение трех основных задач: развертывание пропаганды, имеющей своей целью представить немцев в роли защитников русского народа; оказание активного содействия оккупантам в проведении экономических и политических мероприятий; сбор сведений о политических настроениях населения, экономическом положении районов; борьба с советским подпольем и партизанским движением. Для решения этих задач с июня 1942 года с разрешения оккупационных властей выходил журнал «Православный христианин». В марте 1942 года управлением РПМ было выпущено воззвание по поводу отмены немцами колхозной системы и нового порядка землепользования, а в дальнейшем рассылались циркуляры с разъяснениями позиций германских властей.
Русская православная церковь поддерживала тесный контакт с «Русским комитетом» генерал-лейтенанта А. Власова, ими совместно готовились листовки, содержащие призывы к вступлению в ряды Русской освободительной армии.
22 июня 1941 года митрополит Сергий обратился к верующим с посланием Церкви по случаю начала войны, в котором благословил всех православных «на защиту священных границ нашей Родины».
Взносы Русской православной церкви в Фонд обороны за годы войны составили более 300 млн рублей. Примечательно, что средства жертвовались даже на оккупированной противником территории, хотя часть священнослужителей сотрудничала с немцами. Так, священник Ф. Пузанов из Псковской области собрал среди верующих золота, серебра и церковной утвари на сумму около 500 тыс. рублей и передал их через партизан на Большую землю.
Именно всплеск религиозности населения в период немецкой оккупации оказал серьезное влияние на советское руководство, которое пошло в 1943 году на частичное восстановление религиозной жизни на всей территории СССР. Сталин под давлением военной обстановки и воскрешения церковной жизни на оккупированной немцами территории вынужден был пойти на уступки.
Кроме того, война, к ужасу правящей элиты СССР, выявила явную религиозность значительной части населения Советского Союза, в том числе и среди мобилизованных в армию. Это заставило лидеров ВКП(б) искать в войне с немцами союзника внутри страны в лице Русской православной церкви.
Влияние религии возрастало в наиболее тяжелой обстановке войны. Богослужения в блокадном Ленинграде проходили при переполненных храмах, и на некоторых из них присутствовало командование Ленинградского фронта. 16 клириков местной епархии во главе с митрополитом Алексием были награждены медалью «За оборону Ленинграда». В конце 1942 года Сергий, к тому времени патриарший местоблюститель, призвал духовенство и верующих к сбору средств на строительство танковой колонны и обратился с просьбой о государственном оформлении соответствующих денежных перечислений. На средства, собранные Церковью, были построены и переданы Красной Армии танковая колонна имени Дмитрия Донского и авиационная эскадрилья имени Александра Невского.