Органы НКВД активно боролись с влиянием духовенства на народные массы и самим духовенством. В деревне Фасти Белостокской области председателем крестьянского комитета был выбран дьякон Бакун. Вскоре священник был арестован. 2 декабря 1939 г. во все областные отделения НКВД была разослана «оперативка», в которой указывалось: «Учитывая, что церковный к-p. (контрреволюционный —
Священнослужители выказывали свое недовольство новой властью. Бывший поп, псаломщик Янчук местечка Череповцы бывшего Полесского воеводства среди населения заявил: «Серп и молот изображают угнетение народа. Серп — это крестьянское угнетение, а молот — угнетение рабочих».
Священник Федор деревни Девятковичи при крещении призывал не идти в колхоз. Священник Котович Евгений и иеромонах Шахмат Серафим агитировали за открытие церкви в деревне Поречье, которая была закрыта с приходом Красной армии.
В местечко Беловежа Гайновского района в сентябре 1940 г. из Пинска приехал священник Бойков, который, с разрешения священника Пушкаревича, проповедовал: «Сталинская конституция дает нам основание отбывать все религиозные обряды, поэтому мы должны еще больше молиться и выполнять все законы евангелия. Там, где я служу, местные власти хотели запретить мне звонить в колокола, но я вместе с прихожанами добился того, что и сейчас звоню. Я призываю вас молиться, посещать церковь. Бог простит вам все грехи». Однако, уже 30 ноября 1940 г. на священника Бойкова было заведено уголовное дело, как на злостного неплательщика налогов. Его посадили в Несвижскую тюрьму, несмотря на то, что церковный совет собрал 4 798 рублей для покрытия долга.
В Горицком сельсовете в деревне Ходовичи Слонимского района 20 октября 1940 г. был назначен сход по выдвижению кандидатов в окружные избирательные комиссии. Собрание, по мнению партийцев, было сорвано бывшим церковным старостой Давидом Балем для выдвижения кандидатов из церковного актива. В Березовском районе, по утверждению местного отделения партии, священник, не желая регистрировать церковную двадцатку, пустил слух, что новый председатель сельсовета Новик предложил ему закрыть церковь и убраться.
14 октября 1940 г. в праздник Покров при большом количестве верующих (более 2000) архиерей Рожновский выступил с проповедью, в которой говорил: «Мы переживаем очень тяжелые времена, но нам не следует падать духом и унывать. Нужно усилить наши молитвы к царице небесной: подобно тому, как некогда она спасла от гибели жителей г. Константинополя в память чего и установлен праздник «покров», так равным образом она и нас не оставит своим заступничеством и помощью».
Однако часть священников приняла советскую власть. Это объясняется дискриминацией православной церкви во II Речи Посполитой, неприятием части духовенства, ориентирующегося на Московскую Патриархию, автокефалии Православной Церкви в Польше. Эта часть духовенства, возможно, надеялась с приходом советской власти вернуться в состав РПЦ. Но не исключено и обычное приспособленчество. В деревне Рожайчицы на собрании по выдвижению кандидатов в депутаты священник Васильев произнес: «Да здравствует советская власть, да здравствуют исторические выборы, да взовьется красное знамя на всей земле». А священник деревни Ново-Березово Гранютович среди прихожан по поводу налогов говорил: «Жить можно: сначала было наложено около 2000 руб., когда пожаловался в область, то половину сняли».