В феврале 1199 г. Алексей III прислал ответ, взяв на себя большие обязательства, чем папа имел право ожидать. Император заявил, что спасение Святой земли должно дождаться избранного Господом часа или, по крайней мере, такого момента, когда уменьшатся вероятные расходы денег и войск, в то время как воссоединение церквей может осуществиться лишь путем воздействия Святого Духа на обе стороны. Но он все же предложил, чтобы Иннокентий созвал церковный собор, на котором будет присутствовать и Православная церковь. Патриарх Иоанн X Каматир написал в это же время папе, что у него есть сомнения относительно главенства Рима; по его мнению, латинская церковь виновата в расколе, так как ввела знаменитый пункт о filioque (который гласит, что Святой Дух исходит от Отца
Сделав предложение созвать церковный собор, Алексей III не стал ждать ответа, а осенью 1199 г. снова написал папе и потребовал, чтобы Иннокентий заставил Амальрика из Лузиньяна – короля Иерусалима и Кипра – возвратить последний его законному владельцу – Византии. Алексей предложил в ответ предоставить большие ежегодные субсидии королю и двум военным орденам в Палестине; но если ему будет отказано в этой просьбе, император пригрозил послать военно-морскую экспедицию на Кипр. Встревоженный этой угрозой, Иннокентий попытался умиротворить своего союзника мольбами и угрозами. Как он написал в своем письме в декабре 1199 г., Кипр принадлежал не Византии, когда Ричард Львиное Сердце завоевал его, а независимому правителю; если Алексей совершит на остров нападение, то Амальрику придется отвлечься от выполнения своей задачи – обороны Святой земли, от чего выиграют только неверные. По этой причине короли Западной Европы якобы написали ему, настоятельно убеждая его удержать Алексея от его плана, которому следует остеречься от потери расположения папы из-за пролития христианской крови. В то же время папа написал королям Франции и Англии, чтобы они сплотили общественное мнение против плана императора Алексея III. Он попросил их написать в Константинополь и отговорить Алексея от действий, наносящих вред интересам христианского мира, а также предложить ему в случае повиновения папе римскому, что они используют все свое влияние в курии на пользу Алексею. Однако император был занят решением более насущных проблем и не мог предпринять никаких действий против Кипра; он просто хотел посмотреть, как далеко зайдет папа, оказывая ему свою поддержку.
Встревоженный планом папы немедленно созвать церковный собор, Алексей написал Иннокентию в начале 1200 г., заявив, что он должен проходить в Восточной империи, где в древности уже проходили четыре подобных собора. Затем, чтобы поднять другой вопрос и не дать вопросу о воссоединении дойти до критической точки, император вспомнил слова апостола Петра о повиновении светским властям, которые, по его предположению, означали, что светская власть стоит над духовной. Несмотря на то что Иннокентий III рассматривал этот вопрос как отвлекающий маневр, он снизошел до того, чтобы изложить императору подробное опровержение такого толкования. И хотя духовная и светская власти были независимы друг от друга каждая в своей сфере, по его утверждению, духовная власть стоит выше по достоинству, как душа занимает более высокое положение в теле. Таким образом, папа римский как глава духовной власти несет обязанность и ответственность за то, чтобы поправлять королей и императоров; а светский правитель, обладатель меча, может осуществлять свою власть только над теми, кто носит мечи, но не над духовенством. Письмо Иннокентия, по-видимому, не сохранилось полностью, потому что в нем недостает обсуждения места проведения предложенного церковного собора и связанных с этим проблем.