Политический союз между Ватиканом и Восточной империей достиг равновесия, которое могло нарушить лишь появление новых факторов. Папа помешал императору присоединиться к своим противникам в Западной Европе, в то время как Алексей помог сорвать объединение Германии и Италии, столь опасное для Византии, и предотвратил возможную поддержку папой Ирины Ангелины и Филиппа Швабского на Востоке. Действительно, Иннокентий III не сумел уговорить византийцев принять активное участие в возвращении Святой земли, но мог польстить себе в том, что уберег Кипр от нападения их флота. Ситуация по вопросу воссоединения удовлетворила византийцев, которые ответили на предложения и требования папы обещаниями относительно будущего и подняли вопросы вероучения, чтобы отсрочить реальные действия. Иннокентий все больше гневался на эти прозрачные уловки и спросил у императора, почему тот не может подражать своему предшественнику Мануилу в преданности Святому престолу на словах и в делах.
Новый фактор, которому было суждено нарушить равновесие, достигнутое с таким трудом, не заставил себя долго ждать. В 1201 г. бегство из Константинополя старшего сына Исаака II подействовало как брошенный на склон горы камешек, повлекший за собой лавину.
На Западе принца Алексея ожидала ситуация, которая уже была готова для достижения его целей. Он нашел поддержку у своего зятя Филиппа Швабского, движимого не только своими личными отношениями, но и желанием нанести удар по Ватикану руками своего союзника Алексея III. (Из своего заточения свергнутый Исаак общался с Филиппом.) Филипп, по непроверенным данным, оказал помощь одному изгнанному византийскому аристократу, который возвратился в Восточную империю, чтобы раздувать революцию, но, в конце концов, был схвачен и задушен. Теперь Филипп был слишком занят в Германии, чтобы принимать участие в свержении Алексея III, но среди его друзей был Бонифаций Монферратский, имевший крепкие семейные связи и с Гогенштауфенами, и с Византией и уже избранный командующим нового крестового похода, собиравшегося как раз в то время, когда прибыл принц Алексей.
Когда в 1201 г. пизанский корабль привез принца Алексея в Италию, тот сначала нанес визит Филиппу Швабскому, а затем поехал в Рим, где попытался заручиться помощью Иннокентия III, подробно описав ему все несчастья, которые ему пришлось перенести. Он попросил, чтобы папа осудил того, кто держал его в неволе, но Иннокентий отослал молодого человека с неблагоприятным для него ответом, и Алексей возвратился ко двору Филиппа. После взятия Зары в 1202 г. предложение принца Алексея направить экспедицию на Константинополь было вынесено на суд рыцарей, которые отправили к Иннокентию III депутацию с целью получить одобрение этого плана.
В Риме это посольство столкнулось с другим посольством – от Алексея III. Теперь подверглась испытанию крепость союза между папой и императором Восточной империи, так как в Заре посланники принца сказали крестоносцам, что он исполнит две давние цели папы римского: византийцы, как он пообещал, примут активное участие в отвоевании Святой земли; как правитель империи, он осуществит объединение двух церквей. Разве мог папа отказаться от таких привлекательных предложений?
В поддержку своего дела посланники императора воззвали к идеализму и политическому здравому смыслу папы римского. Они попросили Иннокентия предотвратить нападение на христианское государство армии, собранной для крестового похода против неверных. Как заявил император, принц Алексей ни в коем случае не был законным наследником: единственными вескими основаниями для права наследования в Византии были избрание представителями аристократии или рождение в императорской семье во время правления отца; а принц Алексей не был «порфирородным». В завершение Алексей III попросил папу не поддерживать Филиппа Швабского, чьи тесные отношения с принцем Алексеем и связь с крестовым походом были очевидны всем. Император указал на традиционное противостояние Гогенштауфенов и Ватикана и заметил, что Филипп был отлучен от церкви как духовное лицо, так как променял свои одежды священника на меч. В аргументах Алексея III отсутствовали всякие предложения воссоединения или помощи Палестине.