Бунты в Малой Азии были связаны с историей отношений Исаака с турками из Коньи, и эти две темы можно рассматривать вместе. После вступления Исаака на трон султан Кылыч-Арслан II воспользовался внутренней сумятицей в империи и ее войной с норманнами, чтобы отправить крупную военную экспедицию в верхнюю часть долины реки Меандра. Каким бы опустошительным ни было это нападение, оно было лишь налетом с целью грабежа, и Исаак восстановил мир путем подношений султану и возобновления ежегодной субсидии Конье. В 1188 г. султан был вынужден поделить свои земли на одиннадцать частей и распределить их между девятью своими сыновьями, братом и племянником; немедленно вспыхнула междоусобная война. Один из его сыновей по имени Кутб ад-Дин в провинции Сивас захватил своего отца и Конью в 1189 г. Именно с этим принцем пришлось иметь дело Барбароссе в следующем году. В 1191 или начале 1192 г. старый султан бежал из плена и вернул себе Конью. К нему и обратился в 1192 г. следующий претендент на византийский престол.
Некий молодой человек из Константинополя принял решение сделать попытку добиться трона. Он поехал в город Армалу на реке Меандре, откуда один латинский купец доставил его в Конью и представил его султану. Молодой человек прикинулся Алексеем II, потому что у него была подходящая внешность и присущая тому шепелявость. (Он был вторым появившимся лже-Алексеем; первый был протеже короля Сицилии Вильгельма.) Он напомнил султану о его былой дружбе со своим «отцом» Мануилом и получил от него много подарков. Когда Кылыч-Арслан поинтересовался подлинностью своего гостя у византийского посланника в Конье, то ему было сказано, что Алексей II был убит Андроником, поэтому султан отказался предоставить лже-Алексею официальную поддержку, но позволил тому набрать в свое войско туркоманов для вторжения. К молодому человеку присоединился эмир Арсан с восемью тысячами человек для вторжения в долину Меандра, где многие жители приветствовали юношу как Алексея II (даже некоторые представители придворной знати, которым была известна правда, симпатизировали ему). Правитель – брат Исаака Алексей Ангел не мог или не захотел оказывать ему сопротивление; но один священник то ли из-за личной злобы, то ли по наущению Алексея убил претендента на трон в его лагере неподалеку от Армалы. Его войско исчезло, а его голову привезли в Константинополь, чтобы выставить напоказ. Но турецкие захватчики снова нанесли большой ущерб на западе Малой Азии.
После смерти Кылыч-Арслана в августе 1192 г. на трон сел его младший сын Гияс ад-Дин Кей-Хосров I. Такая смена правителя, видимо, стала сигналом для следующего турецкого вторжения на византийскую территорию – в Вифинию, где нападавшие почти достигли моря. В начале зимы Исаак возглавил поход с целью нанести ответный удар, но из-за позднего времени года и риска потерпеть поражение так близко от столицы он вскоре привел назад свою армию и довольствовался тем, что укрепил убежища для населения, включая убежище под названием Ангелокастрон. Затем или вскоре после этого один турецкий полководец перешел на службу Византии – к радостному изумлению византийцев.
Исаак Ангел старался поощрять разногласия между султаном и его могущественными братьями; и со своей стороны турки не пропускали случая вмешиваться в дела Византии. Теодор Манкафа из Филадельфии был следующим, кто дал им такой повод. Когда приблизительно в 1193 г. Василий Ватац («доместик Востока» и дука Фракийской фемы) подкупил сторонников Манкафы в Филадельфии, Теодор был вынужден бежать в Конью. Как и лже-Алексею II, ему было дано право набрать в свое войско всех, кто захотел бы служить ему. С разношерстной армией он вторгся в верховья долины Меандра, а затем ринулся на юго-запад в Карию, опустошая церкви и уводя с собой мужчин и скот. Когда Манкафа возвратился в Конью, Исаак отправил туда посольство, которое предложило султану деньги в обмен на Манкафу. Взяв с византийцев обещание, что мятежника не убьют и не покалечат, Кей-Хосров выдал беглеца. Обещание сдержали, и Манкафа провел оставшееся время правления Исаака в тюрьме. Братья султана обвинили Кей-Хосрова в глупом предательстве и пригрозили ему войной, но правитель ответил, что он просто возвратил изгнанника на родину, положив конец бегству и преследованию.