Брак с Маргаритой стал непосредственной причиной валахо-болгарского восстания. Ранее Исаак был вынужден отправлять все имевшиеся у него средства армии, воевавшей с норманнами, так что для того чтобы оплатить свадебные торжества он стал взимать особый налог. Эта мера была успешной в Анхиалосе и близлежавших городах на Черном море, но валахи на Балканах воспротивились, и на их недовольстве сыграли Петр и Асень – подстрекатели восстания. Эти два брата появились в Кипселле, что в Южной Фракии, раньше Исаака, вероятно, в 1186 г., когда он вел наступление на захваченный норманнами Дураццо (сейчас Дуррес в Албании. –
Нападения валахов и болгар, осуществляемые из их горных крепостей, опустошали равнины, заставляя императора действовать. Вероятно, ближе ко второй половине 1186 г. он отправил армию под командованием севастократора Иоанна (Ангела) Дуки, чтобы унять мятежников, но после нескольких первых успехов Дука лишился поста командующего по подозрению в том, что он намеревался узурпировать трон. Его преемник зять Исаака кесарь Иоанн Кантакузин был не только слеп, но и храбр до безрассудства. Враг понимал, что не нужно встречаться с византийской армией на равнинной местности; кесарь же смело последовал за мятежниками в горы и там пренебрег укреплением своего лагеря. Однажды ночью его армия была застигнута врасплох и понесла тяжелое поражение, а гардероб Иоанна попал в руки врага. Чтобы поправить дело, император возвратил Алексея Врану из его вынужденной отставки. Тот взял на себя командование армией, усиленной теми пленниками-норманнами, которые выжили в суровых условиях плена. Весной 1187 г. великий полководец повел наступление на вражеские горы и построил укрепленный лагерь в не известном никому дотоле местечке под названием Черная Гора. Врана со своим войском, возможно, и совершил бы что-то против ускользающего врага, но предпочел возвратиться в Адрианополь и начать восстание, которое чуть не сбросило Исаака с его трона.
После поражения и смерти Враны Исаак понял, что ему самому придется руководить борьбой с мятежниками. Приблизительно в июне 1187 г. после тщетных попыток призвать к себе Конрада Монферратского он выступил в поход. Продвигаясь по враждебной территории, он обнаружил, что перевалы перекрыты укреплениями, но под благоприятным покровом ночи или тумана он проскользнул мимо них и захватил врасплох валахов и болгар. Его армия так хорошо их отделала, что Петр, Асень и их свита были рады бежать из страны со всей возможной скоростью. Но император не использовал свою победу, так как он решил, что множество укрепленных деревень и городов, угнездившихся на скалистых горах и утесах, слишком трудно победить поодиночке, и вернулся в столицу, оставив страну валахов и болгар от южных отрогов Балканских гор до берегов Дуная без византийских гарнизонов. Эта серьезная ошибка вызвала упрек у судьи Льва Монастериота, который, по словам Никиты Хониата, сообщил Исааку, что император Василий II (976— 1025 гг.) оставил письменный совет для такой ситуации. Если валахи когда-нибудь поднимут восстание, как писал Василий, в их стране следует разместить гарнизоны и держать их в узде.