Иоанн Комнин не предпринял никаких политических действий, чтобы обезопасить себя, лишь назначил своих приверженцев на самые высокие должности в империи. Когда наступили сумерки, большая часть его сторонников из народа разошлась по домам, намереваясь поутру вернуться, чтобы разграбить богатые столичные дома. Ночью дворец наполнился бандами праздношатающихся солдат, искавших, чем бы поживиться; их особенно интересовали реликвии и драгоценные украшения храмов, находившихся на территории дворца. Николай Месарит – хранитель (скевофилакс) этих храмов – оставил нам яркий рассказ о том, как он защищал храм Богородицы Фаросской (при маяке), где хранились многие драгоценные реликвии, с помощью небольшого отряда охраны, предоставленного узурпатором. Тем временем Алексей III, который тогда жил во Влахернском дворце на другом конце Константинополя, не бездействовал. Собрав вокруг себя своих родственников, он велел отряду под командованием Алексея Палеолога доплыть в небольших лодках по Золотому Рогу до места на Босфоре вблизи монастыря Одигитрии, расположенного чуть севернее Большого дворца. Там этот отряд присоединился к той части императорской гвардии, которая была изгнана из дворца, и вместе они легко расчистили Ипподром от людей узурпатора, которые все еще находились там. Внутри дворца они почти не встретили сопротивления, за исключением его личных слуг. После погони по коридорам Иоанн сдался и был немедленно казнен (ему отрубили голову). Затем последовали охота на его разгромленных приверженцев и их резня. Впоследствии его голова была выставлена на площади, а тело – у южных ворот Влахернского дворца. И хотя, по словам более позднего автора, Алексей сетовал на судьбу, которая привела этого несчастного человека к смерти, это он приказал пытать сторонников Иоанна, чтобы те назвали имена своих сообщников, и те были брошены в тюрьму. В 1203 г. Мурзу фл все еще был за решеткой то ли за это, то ли более позднее преступление.
Таким образом, Алексей III сумел не сдать своих позиций в борьбе с короткими и плохо продуманными мятежами недовольных Контостефанов и Иоанна Комнина. Придворная знать и крупные землевладельцы, которые неоднократно бунтовали против Исаака II, были удовлетворены своим выдвиженцем. Жители столицы, которые были с Исааком в таких тяжелых ситуациях, как восстание Враны, по-видимому, невзлюбили Алексея III, во время правления которого Никита Хониат не упоминает ни о каких работах на общественное благо, ни об особых привилегиях в противовес щедрости Исаака. Тем не менее те, кто был недоволен, нуждались в руководстве и четкой цели. Наверное, Алексей Дука Мурзуфл надеялся сколотить из них фракцию, в которую их объединила бы общая ненависть к латинянам, но это ему не удалось, возможно, из-за нехватки времени. После 1201 г. в столице было спокойно, быть может, благодаря впечатлению, которое произвели победы императора.
В то время как поддержка Алексея III внутри страны оказалась достаточной, чтобы противостоять этим вызовам, он едва держался на плаву в делах с иностранными государствами. Почти сразу же, как он сел на трон, он столкнулся с затруднительной проблемой. В 1191 г. Кипр был захвачен Ричардом Львиное Сердце, который бросил в тюрьму тирана Исаака Комнина. Теперь Амори де Лузиньян освободил его, наверное, в надежде на то, что Исаак создаст проблемы внутри Византийской империи, тем самым мешая ее любым дальнейшим попыткам вновь обрести Кипр. Исаак Комнин немедленно начал писать письма императору и особенно императрице Ефросинье, с которой он состоял в родстве. Исаак был задет, когда Алексей не принял его посланцев как представителей равного ему соимператора и заявил, что умеет править сам и не нуждается в том, чтобы правили им. Было ясно, что если Алексей допустит его в Константинополь, то будут проблемы. Затем Исаак обратился к различным турецким правителям в Малой Азии, предлагая им на выбор имперские провинции, если они сделают его императором. Но даже они знали его слишком хорошо, чтобы рассматривать его предложения. Вскоре после этого он умер, отравленный, по слухам, по приказу Алексея III.
В это же время император столкнулся с огромным множеством других опасностей, чтобы преодолеть которые ему нужно было трудиться больше, чем Геркулес или Давид, как пишет Никита Хониат в одной из своих речей. Стремясь подкупить германцев на Западе, он искал поддержки у таких относительно малозначимых государств, как Армения и постсаладинский Египет, но все его внимание сосредоточилось на двойной проблеме – валахо-болгарской и сельджукской агрессии.