Прежде чем рассматривать другие аспекты внутренней политики Алексея III, следует взглянуть на его административный персонал, в котором высокое положение занимают двое родственников императрицы. Брат Ефросиньи Василий Дука Каматир вернулся во власть. Задолго до этого Мануил Комнин назначил его логофетом дрома, и он оставался на этой должности до тех пор, пока Андроник не ослепил его и сослал в Россию. При Исааке II он на короткое время снова занял свою прежнюю должность, но в годы правления Алексея III его родство с императрицей помогло ему возвратиться на руководящий пост с титулом логофета, возможно, геникона (налоговой службы. –
Среди других руководителей администрации был Иоанн Велисариот, который некоторое время занимал одновременно должности великого логариаста (главного ревизора) и великого логофета (логофета канцелярии; главного инспектора гражданской администрации). И хотя он недолго сохранял последний титул, но продолжал быть одним из самых значимых должностных лиц в империи. Пост эпарха Константинополя изначально занимал Евматий Фил окал, который был посланником к Генриху VI. На посту логофета дрома (министр иностранных дел) Алексей мудро сохранял опытного Димитрия Торника до самой его смерти в 1200–1201 гг. Его преемником стал его сын Константин Торник, бывший эпарх. Сам Никита Хониат занимал должность великого логофета во второй половине правления Алексея. О Константине Месопотамском и Феодоре Эйреникосе, один за другим занимавших пост главного министра, будет рассказано ниже.
Среди второстепенных чиновников можно упомянуть Иоанна Спиридонакеса – киприота низкого происхождения, который из ремесленника поднялся до хранителя денег на личные расходы императора. Вероятно, император полностью полагался на его финансовые способности. После поднятого им в качестве правителя Смолены мятежа его соперники Никита Хониат и Никифор Хризоберг, которые были выходцами из чиновничьих семей и имели образование ритора, открыто выражали свою ненависть и презрение к этому выскочке. Среди его преемников на посту хранителя финансов был евнух Константин, который после бегства Алексея III вывел Исаака II из заключения. В 1196 г. бывший правитель Эллады Николай Трипсих занимал посты дикай-одота (очевидно, судейская должность) и великого логариаста канцелярии (должность, отдельная от должности великого логариаста, так как обе они фигурируют в одном и том же документе). Одним из евнухов, игравших важную роль, был главный паракимомен Георгий Ойнайотес, который выполнял функции посланника и, очевидно, начальника личной охраны императора. Другим был паракимомен Иоанн Ионополит, который в 1195 и 1201 гг. командовал военными экспедициями; Михаил Хониат сравнивает его с Нарсесом (полководец и влиятельный придворный Восточной Римской империи армянского происхождения при императоре Юстиниане I. –
Двое бывших служащих Андроника I были возвращены на свои должности из толпы мелких чиновников. Иоанн Апотир, судья велума, который посоветовал казнить Исаака Ангела, снова появляется в этом же качестве в 1196 г. Константин Патрен, когда-то считавшийся преданным приверженцем Андроника, тоже в 1196 г. вернулся в качестве протасекрита (начальник императорской канцелярии. –