По возвращении императора с этих переговоров произошел ряд инцидентов, которые Никита Хониат счел достойными включения в свою «Историю». В конце года, когда император плыл на корабле из Вифинии, в заливе Астакенос вблизи Никомидии корабль попал в страшную бурю. Ветер дул со всех сторон и нагромождал одну волну на другую. По словам Торника, тогда наилучшим образом проявилось хладнокровие императора, так как посреди этого хаоса он один оставался спокойным, словом и личным примером вселяя мужество в сердца гребцов. Корабль благополучно достиг Принцевых островов и, когда шторм утих, отправился дальше в Халкидон. Император вместе со своей свитой отдохнул там некоторое время перед тем, как отважиться доплыть до столицы, где он отпраздновал свое возвращение турнирами и играми на Ипподроме. Из суеверия Алексей не хотел проводить первую неделю Великого поста в Большом дворце. Когда он спросил у астрологов, когда самый подходящий момент переехать во Влахернский дворец, они решили, что суббота перед Великим постом 3 февраля 1201 г. будет наименее неблагоприятной, особенно если переезд состоится до того, как дворца коснутся солнечные лучи. В назначенный день, когда корабль был готов, родственники императора собрались у его спальни с факелами для процессии. И то ли в результате толчка землетрясения, то ли из-за слабости конструкции пол императорской спальни проломился, и Алексей Палеолог вместе с группой других аристократов упал в образовавшийся провал. Сам император не получил повреждений, но один из евнухов погиб при падении; этим несчастливым происшествием завершился поход Алексея III против турок.
Алексей проявлял осмотрительность и такт по отношению к делам религии. В то время как настойчивое стремление Исаака Ангела назначать патриархов по собственному выбору неоднократно вызывало сопротивление, Алексей был осторожен, но при этом не менее деспотичен. Правящему патриарху Георгию II Ксифилину, который с неохотой принял нового императора, было позволено остаться на престоле. После его смерти 7 июля 1198 г. его преемником стал Иоанн X Каматир (5 августа 1198 г. – апрель/май 1206 г.), который пользовался двойным преимуществом, будучи уже высокопоставленным должностным лицом в патриаршем бюрократическом аппарате (чартофилаксом, отвечавшим за официальные документы и записи в Греческой православной церкви. –