Преодолев кризис, Декарт почувствовал настоятельную потребность обратиться к проблеме объективности разума и автономии науки по отношению к Всемогущему Богу. К этой мысли его подтолкнул и тот факт, что папа Урбан III осудил идеи Галилея как противоречащие Священному Писанию. В 1633—1637 гг., объединив занятия метафизикой и научные исследования, он пишет свой знаменитый труд «Рассуждение о методе»; эта работа послужила как бы введением к трем научным сочинениям, в которых Декарт обобщил результаты своих исследований: «Диоптрика», «Метеоры», «Геометрия». В отличие от Галилея, не оставившего специального трактата о методе, Декарт счел важным доказать объективный характер знания и указать правила, которым надо следовать, чтобы достичь объективности. Созданное в атмосфере полемики и призванное защитить новую науку, «Рассуждение о методе» стало
Тогда же начался роман Декарта с Еленой Ян. У них родилась дочь Францина, которую он нежно любил; но она дожила лишь до пяти лет. Скорбь от утраты оставила глубокий след в душе Декарта, однако его научные труды по-прежнему строги и четки. Он возобновил работу над «Трактатом о метафизике», но теперь в форме «Размышлений», написанных по-латыни и предназначенных ученым.
Тема «слабости и непрочности человеческой природы» свидетельствует о том, что его душа полна тоски. Эти «Размышления о первой философии» он послал Мерсенну, чтобы тот познакомил с ними ученых и узнал их мнение по поводу написанного (известны замечания Гоббса, Гассенди, Арно и самого Мерсенна). «Размышления» опубликованы в окончательном варианте вместе с «Ответами» Декарта в 1641 г., их полное название — «Размышления о первой философии, в которой доказывается бытие Бога и бессмертие души». На нападки по этому поводу протестантского богослова Гисберта Воэция Декарт ответил «Посланием Рене Декарта к знаменитейшему мужу Гисберту Воэцию»
Несмотря на горячую полемику вокруг его сочинений о метафизике и науке, Декарт начал работу над «Началами философии» — сочинением в четырех частях, состоящим из коротких статей по образцу школьных учебников того времени. Это компилятивное и систематическое изложение его философии и физики с особым акцентом на связь между философией и наукой опубликовано в Амстердаме и посвящено принцессе Елизавете, дочери Фридриха V Пфальцского. Устав от споров с профессорами Лейденского университета, запретившими изучение его трудов, не желая более возвращаться во Францию из-за хаоса, царившего там, Декарт в 1649 г. принимает приглашение шведской королевы Христины и, отдав в печать рукопись своей последней работы «Страсти души», окончательно покидает утратившую гостеприимство Голландию. Несмотря на большую занятость, Декарт поддерживает переписку с принцессой Елизаветой. Эта переписка очень важна, поскольку в ней проясняются многие темные места его философской доктрины и, в частности, вопрос об отношении души и тела, о проблеме морали и свободе воли. Для королевского двора Швеции, в честь празднования окончания Тридцатилетней войны и Вестфальского мира, Декарт пишет сочинение «Рождение мира». Но его пребывание при шведском дворе было непродолжительным. Королева Христина имела привычку начинать беседы в 5 часов утра, для чего заставляла Декарта вставать в ранний час, несмотря на суровый климат и не очень крепкое здоровье. 2 февраля 1650 г. философ после очередной утренней беседы заболел воспалением легких и спустя неделю скончался. Его останки в 1667 г. были перевезены во Францию и ныне покоятся в Париже, в церкви Сен-Жермен-де-Пре. После смерти Декарта опубликованы следующие его труды: «Компендиум музыки» (1650), «Трактат о человеке» (1664), «Мир, или Трактат о свете» (1664), «Письма» (1657—1667), «Правила для руководства ума» (1701) и «Разыскание истины посредством естественного света» (1701).
Опыт крушения культуры