В том же году композитор завоевывает Римскую премию. Свою работу над конкурсным произведением Берлиоз заканчивает под звуки начавшегося в Париже восстания и прямо с конкурса отправляется на баррикады, чтобы присоединиться к восставшим. В последующие дни, оркестровав и переложив для двойного хора «Марсельезу», он разучивает ее с народом на площадях и улицах Парижа. Удостоившись Римской стипендии, Берлиоз два года проводит на вилле Медичи. Вернувшись из Италии, он разворачивает активную деятельность дирижера, композитора, музыкального критика. Но его встречает глухая стена полного неприятия его новаторской деятельности со стороны официальных кругов Франции. И это предопределило всю его дальнейшую жизнь, полную лишений и материальных трудностей. Возвращение в Париж в 1833 году было ознаменовано свадьбой с эксцентричной ирландской актрисой Гарриетт Смитсон. Против этого брака была настроена вся семья Берлиоза, за исключением его младшей сестры Адели. Год спустя родился сын Луис, названный в честь отца композитора.
В 1834 г. появляется вторая программная симфония — «Гарольд в Италии» (по поэме Дж. Байрона). Впервые в истории музыки солирующая партия поручается альту, и это придает симфонии черты концерта. В финале симфонии, по словам Берлиоза «звучит одновременно упоение вином, кровью, счастьем и гневом», здесь «пьют, хохочут, дерутся, крушат, убивают, насилуют и все же веселятся». А голос альта — это сам Гарольд, наблюдающий за разбойничьей оргией.1837 г. был ознаменован рождением одного из величайших творений Берлиоза — Реквиема, созданного в память жертв Июльской революции. В истории этого жанра Реквием Берлиоза — сочинение уникальное: в нем сочетается монументально-фресковый и утонченно-психологический стиль. Марши, песни в Духе музыки французской революции соседствуют то с проникновенной романтической лирикой, то со строгим, аскетичным стилем средневекового григорианского хорала. В исполнении Реквиема принимает участие грандиозный состав: 200 хористов и расширенный оркестр из более чем ста человек. В 1839 г. Берлиоз заканчивает работу над третьей программной симфонией «Ромео и Джульетта» (по трагедии Шекспира). Этот шедевр симфонической музыки, оригинальнейшее творение Берлиоза, представляет собой синтез симфонии, оперы, оратории и допускает не только концертное, но и сценическое исполнение. Так же, как и созданная в 1846 году драматическая легенда «Осуждение Фауста». Это первое музыкальное прочтение философской драмы Гете, положившее начало многочисленным последующим ее интерпретациям: в опере (Гуно), в симфонии (Лист, Малер), в симфонической поэме (Вагнер), в вокально-инструментальной музыке (Шуман).
В 1840 г. появляется «Траурно-триумфальная симфония», предназначенная для исполнения на открытом воздухе. Она приурочена к торжественной церемонии перенесения праха героев восстания 1830 г. и живо воскрешает традиции театрализованных представлений Великой французской революции.
В 1854 Гарриетт Смит скончалась. В этом же году Берлиоз вступает в новый брак с певицей Мари-Женевьев Мартин, или Мари Ресио — как она именовалась на сцене. С Мари у композитора была многолетняя связь. В 1856 году Берлиоз приступает к созданию ключевого произведения своего творчества — опере «Троянцы». Либретто он пишет сам на основе хорошо знакомой ему с детства «Энеиды» Виргилия. Работа была закончена в рекордные для столь грандиозного сочинения сроки — за два года. В итоге получилось двухчастное произведение общей длительностью более 5 часов. Парижская опера в течение пяти лет отвергала «Троянцев», и когда в 1863 году «Театр Лирик» дал согласие на постановку только второй части, «Троянцы в Карфагене», к тому же с многочисленными купюрами, Берлиоз сдался на милость судьбе. Ни первую часть «Падение Трои», ни тем более целую оперу маэстро так на сцене и не увидел. Мировая премьера полноценных «Троянцев» состоялась в 1906 году, а парижская — только в 2003. Современников Берлиоза испугал не только колоссальный масштаб «Троянцев», их задевала сама суть произведения, не имеющая ничего общего с привычными поверхностными развлечениями.
Такой же неудачной была судьба оперы «Беатрис и Бенедикт», основанной на шекспировском сюжете «Много шума из ничего». Она была сразу показана в Германии. Берлиоз провел первые два спектакля немецкой версии в Веймаре в 1863 году, где, как он писал в своих мемуарах, был «поражен всякого рода вниманием». Во Франции ее поставили только через семнадцать лет.
На закате жизни Берлиоза преследовали одни потери — в 1860 умерла любимая сестра Адель, в 1862 году — супруга, в 1864 — в возрасте 26 лет скончалась последняя возлюбленная, Амели. В 1867 Берлиоз лишился и единственного сына, капитана торгового судна, во время пребывания на Кубе заболевшего желтой лихорадкой. Известие о его смерти отец получил только в через месяц.