В 1965 году мои работы по управлению мощностью силовых установок судов, и достигаемая при этом большая экономия расхода топлива заинтересовали Ленинградский кораблестроительный институт, и его проректор по научной работе А. А. Моисеев согласился принять их на защиту. Я быстро написал новую диссертацию под заглавием «Оптимальное управление дизельными и дизель-электрическими установками судов», а А. А. Моисеев постарался как можно фундаментальнее подготовить защиту. Он хорошо понимал, что подход, предложенный в диссертации, является новым и непривычным (вариационное исчисление к задачам управления судами ранее не применялось), поэтому диссертация может встретить настороженное отношение, и он старался подготовить защиту как можно солиднее. С разрешения Высшей аттестационной комиссии в состав совета было введено три дополнительных члена, три доктора наук, было получено 22 отзыва на диссертацию и автореферат. На всё это ушло много времени, защита состоялась только в октябре 1966 года. Было горячее и в целом доброжелательное обсуждение, но всё же оказалось, что часть членов совета недоверчиво отнеслась к новым методам исследования, изложенным в диссертации, не была готова их принять и при голосовании мне не хватило одного голоса. За присуждение степени проголосовало 60 % членов совета, а нужно было собрать не менее 66 %. Диссертацию отклонили.
Неудача, конечно, огорчила меня, но сдаваться не хотелось. Я не мог второй раз защищать отклонённые в ЛКИ результаты по управлению силовыми установками судов, но у меня с 1962 года лежала готовая диссертация по оптимальному управлению электроприводом, я мог защищать её, да и новые результаты по оптимизации электропривода получались у меня каждый год. После долгих переговоров с различными учёными советами в 1967 году эти новые научные результаты вызвали интерес факультета корабельной электромеханики и автоматики Ленинградского электротехнического института (ЛЭТИ), и факультет согласился принять к защите мою работу — переработанную и дополненную новыми материалами диссертацию 1962 года. Снова началась длинная и сложная «эпопея» получения отзывов оппонентов, ведущего предприятия и т. п., и только к ноябрю 1969 года дело дошло до защиты. За это время в США перевели на английский язык и издали в 1968 году мою книгу «Вариационные методы теории оптимального управления». Публикация в США укрепила моё положение, улучшила возможности защиты. Декан факультета корабельной электротехники и автоматики ЛЭТИ. Б. И. Норневский и его помощник — В. А. Михайлов — хорошо ко мне относились, использовали полученные мною результаты по оптимизации в хоздоговорных работах с заказчиками. Одно время я работал временно у них на полставки, они были довольны, и успешная защита на совете факультета сомнений не вызывала. Вмешались интриги на институтском уровне: ЛЭТИ состоял тогда из четырёх факультетов, и результаты докторской защиты на факультете утверждались на общеинститутском учёном совете (хотя почти всегда это было простой формальностью). В это время в ЛЭТИ проходила борьба между сильной и многочисленной группой, возглавляемой А. В. Башариным, и группой, куда входили мои доброжелатели Б. И. Норневский, В. А. Михайлов, В. А. Тимофеев и др. Башарина они считали хитрым и беспринципным интриганом, и то, что он сразу выступил против моей диссертации, их не удивило.