На своём факультете Башарина и его группу им удалось изолировать, она была в явном меньшинстве, однако Башарин имел поддержку на других факультетах, а в 1969 году ставленник его группы был избран председателем парткома ЛЭТИ, получив перевес над кандидатом, которого поддерживали Б. И. Норневский и В. А. Михайлов. Это и сыграло роковую роль в судьбе диссертации. При защите на совете факультета диссертация прошла хорошо, но Башарин умело повёл интригу: поскольку кворум на защите был близок к предельному, перед голосованием его сторонники ускользнули с заседания и кворум сорвали. Пришлось перенести голосование на следующее заседание учёного совета. Голосование прошло успешно, защита состоялась, но всё это дало зацепку Башарину потребовать на общеинститутском совете ЛЭТИ не утверждать результата моей защиты и решения совета факультета. Он обрушился с яростными обвинениями уже не столько на мою диссертацию, сколько на Б. И. Норневского и В. А. Михайлова, которые, якобы, не законно перенесли голосование на факультетском совете. К этому времени уже было известно о победе «партии Башарина» на выборах секретаря парткома ЛЭТИ. Возможно, что это повлияло на позицию членов общеинститутского совета ЛЭТИ, и мою защиту не утвердили. Один из моих оппонентов, профессор В. А. Тимофеев, в знак протеста вышел из совета ЛЭТИ, но это уже не могло помочь. Всё же и сейчас приятно вспомнить, как активно помогали мне Б. И. Норневский, В. А. Тимофеев, а также Николай Михайлович Матвеев (автор известных учебников по теории дифференциальных уравнений для университетов). Н. М. Матвеев для утешения рассказывал о своей защите: «Защита докторской диссертации растянулась у меня на 13 лет. Вас, Юрий Петрович, волокитят пока ещё только 7 лет. Не отчаивайтесь».
Надо отметить, что в те годы во многих высших учебных заведениях и научно-исследовательских институтах происходила острая борьба двух партий: одна, которая старалась отстоять интересы науки, настаивала на научном подходе к выбору направления работы, требовала учёта научной ценности диссертации при голосовании в учёном совете. Другая партия стягивала к себе интриганов, не имевших ни любви к научной работе, ни научных заслуг, но зато очень искушённых (и даже талантливых) в различных интригах. К сожалению, этой второй партии очень часто удавалось одерживать верх, особенно действуя через партийные организации и парткомы.
При защите докторских диссертаций обе партии прежде всего прикидывали — на чью сторону встанет потом новый доктор наук. А поскольку у меня уже были опубликованы широко известные книги, то моё лицо было известно всем с самого начала. Поэтому первая партия помогла мне преодолеть трудности при приёме диссертации к защите, а вторая партия старалась помешать этому или «завалить» диссертацию на защите. Именно так всё и произошло в ЛЭТИ. «Партии Башарина» удалось в тот год одержать верх, что и предопределило не утверждение результатов голосования факультетского учёного совета на Большом совете ЛЭТИ. В Большой совет входил представители всех факультетов ЛЭТИ, всех его многочисленных специальностей. Большинство членов Большого совета не только никогда не видели моей диссертации, но и не слышали о ней. Они полагались на мнение и позицию членов парткома ЛЭТИ, а к моменту голосования в Большом совете «партия Башарина» в парткоме одержала верх, что и предопределило мою неудачу, несмотря на все публикации и заграничные переводы.