Кроме того, хотя Софья стала государыней для тысячи подданных, но у Ивана III она была второй женой и знала, что у великокняжеского престола уже есть наследник, а ее будущим детям уготованы лишь вторые роли удельных князей. Все это заставляло ее быть не столько супругой и матерью, сколько хитрым и дальновидным политиком.
Женившись на Софье Палеолог, Иван III также оказался в сложном положении. Прежде всего он постарался уладить конфликт с митрополитом Филиппом — предложил иерарху устроить публичный диспут с католиком и постараться его посрамить.
Филипп с радостью принял предложение великого князя, зная, что у папского легата довольно мало церковных книг. Сам он взял с собой на диспут известного своей ученостью книжника Николая Поповича. В итоге католик был посрамлен. Ни на один каверзный вопрос он не сумел дать ответа и лишь повторял: «Нет книг со мной».
Православное духовенство осталось очень довольно прениями, а папскому представителю пришлось забыть о планах объединения церквей. Софья Фоминична предпочла ни во что не вмешиваться, зная о стойкой нелюбви русских людей к католикам.
Только в начале января следующего года посольство, доставившее невесту, отправилось в обратный путь. С собой оно везло подарки и письма новой великой княгини родным и знакомым. В них она просила прислать в Москву самых разных специалистов, чтобы превратить Кремль в кусочек столь любезной ее сердцу Италии.
Пока же тоску по родине скрашивали привезенные в больших сундуках многочисленные книги —-остатки библиотеки византийских императоров, спасенные отцом Софьи.
Среди бесценных книг были труды древнегреческих философов Платона, Аристотеля, Цицерона, сочинения Аристофана и Вергилия, исторические трактаты и многие другие фолианты на греческом, латыни и еврейском языках. Правда, на Руси их могли читать очень немногие, поскольку иностранные языки знали лишь те, кто занимался международными делами.
По приказу великого князя для имущества Софьи Фоминичны отвели подвалы церкви Иоанна Предтечи у Боровицких ворот — в деревянных хоромах из-за частых пожаров хранить что-либо было опасно.
Иван Васильевич вскоре понял, что старый терем его первой жены не слишком подходит для высокородной византийской принцессы. А потому приказал к спальным помещениям пристроить повалушу, большую горницу с красиво расписанными стенами и довольно богатым убранством — коврами, бархатными подушками, массивными подсвечниками. В них она стала принимать посольства из Италии и своих соотечественников-греков. Кроме того, по просьбе Софьи к ее покоям пристроили на высоком подклете светлицу — просторное помещение со множеством окон. Там под ее руководством трудились девушки-мастерицы: ткачихи, вышивальщицы, швеи. Она обучила их особому лицевому шитью, развитому в Византии. Вскоре из-под рук вышивальщиц начали выходить замечательные изделия, похожие на яркие и красочные картины, или портреты святых.
В остальных помещениях великокняжеского терема окна делали маленькими, щелевидными, их закрывали железными ставнями от искр, которые разлетались во время частых пожаров.
Вскоре и самому великому князю потребовалась большая повалуша для приема многочисленных иностранцев, хлынувших на Русь по приглашению Софьи Фоминичны. Затем появилась средняя горница, к которой позже пристроили набережные горницу и сенник — летнее помещение без отопления и земляной присыпки на потолке, столовую-гридню. Все они были деревянными отдельно стоящими сооружениями, соединенными крытыми переходами. Над некоторыми из них возвели крытые галереи-чердаки и высокие крыши с башенками, придававшие всему комплексу весьма причудливый вид.
Но бывшая византийская принцесса мечтала совсем о другом дворце — каменном, в итальянском стиле.
Иван III вскоре понял, что следует не держать жену в подчинении, а самому прислушиваться к ее советам.
Еще в апреле 1472 года начали перестройку главного храма столицы — Успенского собора. Однако уже возведенное здание внезапно рухнуло. Софья Фоминична посоветовала пригласить из Италии опытного архитектора и разобраться в причинах неудачи русских мастеров. В 1475 году в Москву прибыл известный итальянский зодчий Аристотель Фиораванти. Он обнаружил, что собор развалился из-за плохого качества кирпича. Поэтому прежде всего принялись за изготовление хорошего строительного материала.
Аристотель правильно понял стоящую перед ним задачу: возвести храм, в котором сочетались бы черты прежнего символа русской государственности — Успенского собора во Владимире с новейшими образцами западноевропейской архитектуры. В итоге созданный им в Кремле Успенский собор поразил современников своим «величеством, высотою, светлостью, звонкостью и пространством». Внешне он повторял владимирский образец, а внутри был похож на светские палаты — без тяжелых хоров и низких сводов. Четыре круглые колонны поддерживали высокие тонкие кирпичные перекрытия.